Amira 软件:生物图像分析的必备工具

Thermo Scientific Amira 软件因其卓越的生物图像分析能力而受到全球科学家和研究人员的高度评价。 来自格拉斯哥大学、华盛顿大学和马克斯·普朗克神经生物学研究所等顶尖机构的评价,凸显了它在推动各领域研究方面所发挥的作用。 用户对其直观的设计、处理大型数据集的能力以及多功能光学控制赞不绝口,这些都极大地促进了研究和发现过程。 无论是分析血管结构、了解木乃伊化过程,还是辅助癌症病理学研究,Amira 软件都证明是现代科学研究中不可或缺的工具。


Amira 软件助力范德堡大学线粒体研究

Antentor Hinton Jr. 博士使用 Amira 软件

Antentor Hinton Jr. 博士在其实验室的线粒体研究工作中,广泛使用了 Amira 软件。

"Amira 软件是可视化 SBF-SEM 和 FIB-SEM 图像的关键,让我们能够分析细胞器的 3D 形态。"


Antentor Hinton Jr. 博士
范德堡大学分子生理学与生物物理学系


关联显微镜: 使用 Amira 软件了解癌症的扩散

Matthia A. Karreman(理学硕士、博士)使用 Amira 软件

Matthia A. 德国海德堡 EMBL 和 DKFZ 的 Karreman 使用 Amira 软件。

“这是一款功能非常强大的软件,它既适用于电子显微镜,也适用于荧光显微镜,这一点非常难得,因为通常软件只专注于其中一种。 这款软件功能非常强大——我真心推荐 Amira 软件。”


Matthia A. Karreman(理学硕士、博士)
德国海德堡 EMBL 和 DKFZ


Amira 软件可通过 3D 可视化和分析加快兽医学研究

Stephan Handschuch 博士使用 Amira 软件

"Amira 软件可帮助您构建联系,实现数据对象之间的复杂交互。 生物学也很复杂,生物相互作用就是复杂网络。 复杂的问题需要复杂的工具来解决。 在这方面,Amira 软件采用的分析功能在处理复杂数据分析时优于大多数其他软件。

 

此外,我喜欢 Amira 软件的一点就是,在深度学习网络和脚本编辑(Tcl、Matlab、Python……)的集成方面,它非常兼容开放。"

 

Stephan Handschuch,博士
维也纳兽医大学 VetCore


Amira 软件用于表征 SARS-CoV-2 在宿主细胞内的复制周期

来自海德堡的 Steffen Klein 使用 Amira 软件进行 3D 细胞成像和分析

"Amira 软件可帮助建立复杂的数据处理工作流程。 首要目标是增强病毒膜和细胞膜的对比度。 我们应用了 Amira 软件中实现的 3D 非局部均值过滤器和膜增强过滤器的组合。 使用顶帽分割工具实现了初步的自动分割。 使用 Wacom 绘图板对初始分割结果进行了进一步的手动精修。 基于精修后的膜分割,利用无约束平滑计算出 3D 表面,并将该表面可视化为 3D 模型。"


Steffen Klein

德国海德堡大学传染病学系病毒学系 Chlanda 实验室


利用 Amira 软件揭示哺乳动物嗅觉进化

利用 Amira 软件揭示哺乳动物嗅觉进化

“为了解两栖哺乳动物嗅觉的演化,我会扫描博物馆标本的头骨或头部,有些标本的采集时间超过一百年。 这种方法使我能够在不损坏博物馆标本的情况下,获取嗅觉器官等内部结构的信息。 我使用 Amira 软件对嗅觉器官进行可视化、分割和量化。”



Quentin Martinez 博士
德国斯图加特国家自然历史博物馆 (SMNS)


广州医科大学的研究人员利用 FIB-SEM 成像技术,在附睾上皮细胞中发现了一个细胞间细胞器库。

利用 FIB-SEM 成像研究附睾上皮中的细胞间细胞器库

“Amira [软件] 是一款很出色的 3D 重建工具,且操作简便。” 一篇发表于《自然-通讯》杂志的论文,展示了使用 Amira 软件创建的令人印象深刻的 3D 模型。



陈浩教授
广州医科大学 中国广东


鲁汶大学医院使用 Amira 软件对正颌患者进行术后评估

由鲁汶大学医院使用 Amira 软件创建的 3D 正颌可视化模型

"我们将重点关注正颌患者的术后评估,通过与 3D 虚拟术前规划进行对比,量化双颌手术结果的准确性。"


Max Planck 神经生物学研究所使用 Amira 软件从头到脚追踪轴突

Max Planck 神经生物学研究所使用 Amira 软件进行的轴突追踪

作为 Amira 软件的长期用户,Ertürk 信赖其神经丝追踪和可视化功能,将其作为首选工具。 他利用 Amira 软件的骨架化模块和神经丝编辑工具,成功追踪从脊髓病变部位到其背根神经节的轴突,从而验证这些轴突来自外周轴突已被切断的神经元。 直达端部的轴突追踪,展现了 3D 成像的巨大潜力。它能够清晰区分再生轴突与未受损轴突,分辨率达到传统组织学方法的水平。


华盛顿大学研究人员使用 Amira 软件辅助胰腺癌病理学诊断

Amira 软件中的胰腺癌分析工作流程

"Amira 软件可将原始光学数据集以全分辨率完整载入,使用户能够轻松快速地处理数据,进行初步组织分析。 此外,软件还能渲染整块活检组织的体积数据,并可对重建数据进行阈值分割,以满足涉及整体组织染色的特定研究需求。"


格拉斯哥大学使用 Amira 软件分析血管结构

格拉斯哥大学使用 Amira 软件进行 3D 血管结构分析

"Amira 软件可将原始光学数据集以全分辨率完整载入,使用户能够轻松快速地处理数据,进行初步组织分析。 此外,软件还能渲染整块活检组织的体积数据,并可对重建数据进行阈值分割,以满足涉及整体组织染色的特定研究需求。"


AMSC Research, LLC 使用 Amira 软件研究埃及木乃伊制作的过程与仪式。

AMSC Research 使用 Amira 软件对埃及木乃伊的 3D 扫描数据进行可视化。

  "Elias 使用 Amira 软件分析扫描数据。 木乃伊是生物实体,因此除了通常的法医学(与皮肤和骨骼有关的特征)要素外,它们还具有与所处年代和社会意义有关的文化要素。 Amira 系统因其直观设计得到了 Elias 的青睐。 它可以轻松处理大型数据集,并提供用途广泛且灵敏度高的多种光学控制功能。 这些功能大大加快了发现过程。 它让研究变得生动有趣,进而转化为强大的教学素材。"


芝加哥大学东方研究所使用 Amira 软件对埃及木乃伊鸟进行可视化与分析

在芝加哥大学东方研究所,使用 Amira 软件对一具木乃伊鸟进行 3D 扫描

"利用 Amira 软件对这个木乃伊标本进行仔细分割,是可视化其内脏器官并确定其种属的关键步骤。 分割过程中,钙化程度低带来了挑战。 分割完成后,Amira 软件清晰的表面渲染功能支持进一步的分析与鉴定。"


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