器官图谱抗体检测组合 (OMAP) 是经验证的详细资源，提供有关健康器官以及用于健康器官和组织多重抗体成像的实验设计信息。 从 OMAP 设计的实验中获得的信息有助于更好地了解健康解剖结构和细胞类型。

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已发表 OMAP 的目标：

  • 减少想要进行类似实验或组合的研究人员的开发时间和费用。
  • 标准化的检测组合以提高数据重现性，同时为研究目的提供灵活性。
  • 为经验证和同行评审的新检测组合提供一个起点。
  • 支持开发人类参考图集

本页内容：

标准化多重组织成像社区资源。
本文章提供了有关七个人体器官的解剖结构、细胞类型以及空间生物学实验中使用的经验证抗体的信息。

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什么是 OMAP？

OMAP 是经过广泛验证的多重抗体组合，可识别不同健康组织中的细胞群和结构。 该项目起源于人类生物分子图谱计划 (HuBMAP) 相关的联盟成员。 该小组成员选择了组织特异性抗体，并对其进行了严格测试，以确保其具有 (1) 高信号和低噪音、(2) 低非特异性、(3) 较低的自发荧光和其他属性。 有关抗体的信息可在 HuBMAP、文献、社区数据库和/或供应商网站上获得。

OMAP 是从健康或已知无疾病的器官中获取的组织开发而成。 这些研究提供的信息包括： （1）解剖结构、（2）这些结构内的细胞类型、（3）细胞的空间位置、（4）细胞和结构的强度和大小，以及（5）来自偶联抗体染色模式的蛋白质共定位。

OMAP 信息见OMAP HuBMAP CCF 门户页面 。

我如何在我的研究中使用 OMAP？

OMAP 可用于设计使用抗体标记组织样本的空间生物学实验。 OMAP 的设计和验证使研究人员可以放心地选择抗体和试剂来生成空间数据，而无需花费大量时间重新验证检测组合或检测抗体。 OMAP 包括有关组织样本制备、抗原修复和染色方法的信息。 OMAP 表格将包括细胞类型标志物和推荐了可能适用于 OMAP或其他多重成像的抗体。 研究人员可以密切关注检测组合的设计和方法，或者可以使用 OMAP 作为初始参考，以帮助指导特定组织类型的多重检测组合的开发。

OMAP 表将经验证的抗体与细胞类型关联，为研究者提供标记目标组织内特定细胞所需的抗体参考。

研究者既可严格采用既定抗体组合，亦可基于 OMAP 初始参考，开发适配特定样本制备方式（如FFPE、冷冻固定）与成像技术的定制化多重成像抗体组合方案。

在HuBMAP 自然方法 集的两篇出版物中可以找到用于了解组织的 OMAP 示例。这些出版物使用多重成像检查组合来评估人体皮肤 肠道 的细胞微环境和组织架构。

让我们看一下 HuBMAP CCF 门户网站上的 OMAP 示例

选择器官和基于多重抗体的成像方法

下载包含抗体和实验设计信息的电子表格

点击电子表格链接（请参见以下屏幕截图中的红色圆圈）并下载文件。 保留有关如何引用出版物、补助金、网页和其他外部文件信息的信息。

下载的电子表格包含选择抗体所需的信息。 描述了抗体名称、克隆、供应商和偶联物类型（如适用）（例如荧光基团）。 实验设计详细信息包括研究方法、组织保存方法和抗体稀释量。 在本例中，作者使用 IBEX，这是一种多重免疫染色方案，采用迭代漂白和循环抗体染色进行高参数成像。 循环编号、核心检测组合和基本 25 重是重要的细节，因为它们使用 4 个以上抗体。

 

这是人淋巴结生发中心的 IBEX 图像。 图片由 Andrea J. Radtke 和 Ronald N. Germain 博士提供。 染色的标志物包括BLC6（红色）、CD11c（青色）、CD68（黄色）、CD39（蓝色）；更多信息请参见 OMAP-1  。 来源：本周 HuBMAP 图像。 

这是人类淋巴结生发中心和髓质中 B 细胞的 IBEX 图像。 图片由 Andrea J. Radtke 和 Ronald N. Germain 博士提供。 染色的标志物包括 CD21（蓝色）、IRF4（品红色）、CD138（绿色）, a-SMA (克隆：克隆-1A4)；更多信息请参见 OMAP-1  。 来源：本周 HuBMAP 图像。 

在哪里可以找到新的 OMAP？

表1. 当前的 OMAP。

OMAP IDOMAP 名称组织类型
OMAP-1

 人淋巴结多重抗体成像的器官定位抗体组合（OMAP）

淋巴结
OMAP-2

 人体肠道多重抗体成像的器官定位抗体组合（OMAP）

肠细胞
OMAP-3 肾脏多重抗体成像的器官定位抗体组合（OMAP）肾
OMAP-4

 人体皮肤多重抗体成像的器官定位抗体组合（OMAP）

皮肤
OMAP-5 人体肝脏多重抗体成像的器官定位抗体组合（OMAP）肝
OMAP-6

 人体胰腺多重抗体成像的器官定位抗体组合（OMAP）

胰腺
OMAP-7

 人肺细胞肾脏多重抗体成像的器官定位抗体组合（OMAP）

肺细胞

OMAP 出版物中的 Thermo Fisher Scientific 抗体示例。

利用 IBEX 对人体淋巴结进行基于抗体的多重成像的 OMAP

创建日期2022年5月6日
HuBMAP IDHBM624.PJSR.685
引用文献Andrea J. Radtke. 用于人淋巴结多重抗体成像的器官映射抗体检测组合 (OMAP)IBEX。 https://doi.org/10.48539/HBM624.PJSR.685
产品

利用 CODEX v1.0 对人肠细胞进行基于抗体的多重成像的 OMAP

创建日期2022年5月6日
HuBMAP IDHBM373.HQCB.363
引用文献John Hickey。 利用 CODEX 对人肠细胞进行基于抗体的多重成像的器官图谱抗体检测组合 (OMAP)  https://doi.org/10.48539/HBM373.HQCB.363
产品

利用 Cell DIVE v1.0 对人皮肤细胞进行基于抗体的多重成像的 OMAP

创建日期2021年5月6日
HuBMAP IDHBM467.LRKZ.884
引用文献Liz McDonough. 利用 Cell DIVE v1.0 对人皮肤细胞进行基于抗体的多重成像的器官图谱抗体检测组合 (OMAP)  https://doi.org/10.48539/HBM467.LRKZ.884
产品

利用 CODEX v1.0 对人肠细胞进行基于抗体的多重成像的 OMAP

创建日期2021年5月6日
HuBMAP IDHBM395.LXKX.734
引用文献Anna Martinez Casals, Frida Björklund. 利用 CODEX v1.0 对人胰腺细胞进行基于抗体的多重成像的器官图谱抗体检测组合 (OMAP)   https://doi.org/10.48539/HBM395.LXKX.734
产品

利用 CODEX v1.0 对人肠细胞进行基于抗体的多重成像的 OMAP

创建日期2022年5月6日
HuBMAP IDHBM366.RQZK.248
引用文献Christine Surrette、LisaLowery、Gloria Pryhuber、Gail Deutsch、Fiona Ginty。 利用 Cell DIVE v1.0 对人肺细胞进行基于抗体的多重成像的器官图谱抗体检测组合 (OMAP)  https://doi.org/10.48539/HBM366.RQZK.248
产品
参考文献
  1. Quardokus EM, Saunders DC, McDonough E, Hickey JW, Werlein C, Surrette C, Rajbhandari P, Casals AM, Tian H, Lowery L, Neumann EK, Björklund F, Neelakantan TV, Croteau J, Wiblin AE, Fisher J, Livengood AJ, Dowell KG, Silverstein JC, Spraggins JM, Pryhuber GS, Deutsch G, Ginty F, Nolan GP, Melov S, Jonigk D, Caldwell MA, Vlachos IS, Muller W, Gehlenborg N, Stockwell BR, Lundberg E, Snyder MP, Germain RN, Camarillo JM, Kelleher NL, Börner K, Radtke AJ. 器官图谱抗体检测组合： 标准化多重组织成像的社区资源。 Nat Methods. 2023 Jul 19. PMID :37468619. 
  2. Radtke AJ, Quardokus EM, Saunders DC. SOP:人体组织多重抗体成像的器官定位抗体组合。 DOI 10.5281/zenodo.5749882 
  3. Hickey JW, Neumann EK, Radtke AJ, Camarillo JM, Beuschel RT, Albanese A, McDonough E, Hatler J, Wiblin AE, Fisher J, Croteau J, Small EC, Sood A, Caprioli RM, Angelo RM, Nolan GP, Chung K, Hewitt SM, Germain RN, Spraggins JM, Lundberg E, Snyder MP, Kelleher NL, Saka SK. 蛋白质组成和组织结构的空间图谱： 基于抗体的多重成像入门。 Nat Methods. 2022 Mar; 19(3):284-295. PMID :34811556. 
  4. Radtke AJ, Chu CJ, Yaniv Z, Yao L, Marr J, Beuschel RT, Ichise H, Gola A, Kabat J, Lowekamp B, Speranza E, Croteau J, Thakur N, Jonigk D, Davis JL, Hernandez JM, Germain RN. IBEX：一种适用于对多种组织高内涵成像的迭代免疫标记和化学漂白方法。 Nat Protoc. 2022 Feb;17(2):378-401. PMID :35022622. 
  5. Du Z、Lin JR、Rashid R、Maliga Z、Wang S、Aster JC、Izar B、Sorger PK、Santagata S. 用于基于图像的免疫分析和多重组织成像的验证抗体。 Nat Protoc. 2019 Oct;14(10):2900-2930. PMID :31534232. 
  6. Andrea J. Radtke. 利用 IBEX 对人淋巴结细胞进行基于抗体的多重成像的器官图谱抗体检测组合 (OMAP) https://doi.org/10.48539/HBM624.PJSR.685
  7. Scalia CR、Boi G、Bolognesi MM、Riva L、Manzoni M、DeSmedt L、Bosisio FM、Ronchi S、Leone BE、Cattoretti G。固定和包埋过程中的抗原掩蔽，解剖。 J Histochem Cytochem. 2017 Jan;65(1):5-20. Epub 2016 Oct 23. PMID :27798289. 

数据库

  1. HuBMAP CCF 门户网站：器官图谱检测组合 (OMAP) 
  2. 人类蛋白质图谱 
网络工具

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