Axiom™ 多物种虾和罗非鱼基因分型阵列 (Axiom™ TilShrv1)，微型 96 规格

Axiom 多种属虾和罗非鱼基因分型阵列 (Axiom TilShrv1) 由 João Campos 与 Jose Fernando Garcia（Trigene，巴西）合作设计，由 PIPE-FAPESP 提供财务支持。该阵列包含罗非鱼的60,886个 SNP 以及虾的6,453个 SNP。还具有 384HT 规格。

罗非鱼阵列
• 包括罗非鱼的60,886个 SNP
• 来自非洲野生样本和人工养殖的 GIFT、Chitralada、Stirling 的十二种不同尼罗罗非鱼品系以及来自巴西和北美洲不同产地的其他品系（可代表世界尼罗罗非鱼大部分差异性）
• 映射读段后，从158个样本和尼罗罗非鱼对照基因组 (GCF001858045.2 O. niloticus UMD-NMBU) 中总计鉴别出1600万个变体
• 筛选后，经研究有超过200万个双等位基因 SNP 位于此阵列上
• 选择无相邻多态性的高度多态性 SNP
• 最后确定的一组 SNP 在22个连锁群上的平均距离为 14 kbp，且等位基因频率较高，只有少数具有 >5% SNP 的基因，次要等位基因频率低于 0.05

罗非鱼阵列的应用
• 全基因组关联研究
• 分子育种 — 关联映射和基因组选择
• 群体遗传学 — 区分鱼类起源
• 区分不同品系的尼罗罗非鱼

虾阵列
• 包括虾的6,453个 SNP
• 从350,00个数据集以上的推定变体 L. vannamei 基因组中选择标记物 (1,2)
• 标记物均匀分布

虾阵列的应用
• 太平洋白虾（南美白对虾）的基因组选择和家族鉴定评价

参考文献
1.Du ZQ, Ciobanu DC, Onteru SK, Gorbach D, Mileham AJ, Jaramillo G, Rothschild MF.A gene-based SNP linkage map for pacific white shrimp, Litopenaeus vannamei.Anim Genet.2010 Jun;41(3):286-94.
2.Jones DB, Jerry DR, Khatkar MS, Raadsma HW, Steen HV, Prochaska J, Forêt S, Zenger KR.A comparative integrated gene-based linkage and locus ordering by linkage disequilibrium map for the Pacific white shrimp, Litopenaeus vannamei.Sci Rep.2017 Sep 4;7(1):10360.

所需产品
GeneChip Command Console 软件
GeneTitan 多通道仪器
Axiom Analysis Suite 软件
Axiom 长格式导出工具 (AxLE)