DiIC₁₂(3) (1,1'-二(十二烷基)-3,3,3',3'-四甲基吲哚碳菁高氯酸盐)

由于这些染料插入脂质膜，任何对膜的破坏都将导致染料流失。这包括用Triton X-100之类的去垢剂或是甲醇之类的有机溶剂通透。通透是胞内抗体标记所必需的，但它会导致染料流失。相反，CFDA SE之类活性染料能够共价连接到细胞组分，因此可以在固定和通透之后更好的保留。

转运过程相当缓慢：在活体组织中大约6 mm/天，在固定组织中更慢。亲脂性羰花青示踪剂从开始给样处扩散到神经元末端，可能需要数天甚至数周的时间。FAST DIO和DiI类似物（具有不饱和烷基尾）可以提高50％左右的转运速度。

请选择与您现有的激发光源和发射滤光片组/通道兼容的染料。固体、糊和晶体形式的染料可直接施加到组织中的神经元。如需标记培养的细胞或进行显微注射，可采用溶液或固态形式的亲脂性染料。

亲脂性花青染料非常适合此类测定，因为它们会掺入到细胞膜中，随着细胞融合之后共用细胞膜，染料也随之共享。例如，一个细胞群体可以用DiI（橙红色）进行标记，而另一细胞群可以用DIO（绿色）进行标记，当细胞融合时合并的颜色为黄色（使用双带通滤光片成像）。

这是不推荐的。这些染料与DNA和RNA的结合会影响核酸的正常功能，扰乱转录和增殖。诸如CellTracker染料或Qtracker试剂在不严重扰乱细胞正常活动的条件下对其进行追踪。如果您仍需要使用核酸染料进行标记且细胞是哺乳动物和非血液来源的话，CellLight 细胞核试剂可通过瞬时转染进入细胞，在核表达蛋白上表达GFP或RFP长达数天而不影响其功能。