基于Orbitrap Excedion Pro质谱的磷酸化、ADMA和O-GlcNAc分析

蛋白质翻译后修饰（PTMs）承载着大量生物学复杂性，但同时也是最难以进行可靠分析的分子特征之一。磷酸化、非对称二甲基精氨酸（ADMA）和 O-GlcNAc 糖基化（O-GlcNAc）通常丰度较低，非常不稳定（易降解），并且常常需要精确定位修饰位点，才能理解其生物学意义。本技术说明展示了赛默飞 Orbitrap Excedion Pro 混合质谱仪如何通过结合快速、高灵敏度的性能与互补的HCD 和 EThcD 碎裂工作流程来应对这些挑战。

利用富集的 PTM 样品和自动化数据依赖采集（DDA），该研究表明 Orbitrap Excedion Pro MS 能够在多种 PTM 类别中同时实现良好的检测深度与分析可靠性。在磷酸化分析中，该平台从 IMAC 富集样品中鉴定出 5,892 个独特磷酸化位点，并在磷酸酪氨酸富集后鉴定出 2,941 个独特磷酸酪氨酸位点，突显了其在广泛筛查和高度靶向信号通路研究中的强大表现。同样重要的是，数据表明 HCD 和 EThcD 具有互补价值，每种断裂方法都贡献了独特的位点鉴定，并有助于解析不确定的位点归属。

该技术说明还强调了 EThcD 在更高分析需求 PTM 中的价值。在 ADMA 富集样品中，EThcD相较于 HCD， 提供了更多 ADMA 肽谱匹配（PSMs）和更多独特修饰肽，有助于提升修饰位点鉴定的可靠性。对于 O-糖肽，Orbitrap Excedion Pro MS 使用一种智能策略：基于 HCD 产物触发的 EThcD（HCD-product-dependent-EThcD）。该策略仅在检测到氧杂阳离子（oxonium ions）时触发 EThcD，提高生产效率，同时保留用于高置信度糖基化位点定位所需的断裂细节。

总体而言，这份技术说明展示了 Orbitrap Excedion Pro MS 如何帮助研究人员以更高灵敏度、更高的位点鉴定置信度和更智能的数据采集策略深入探索 PTM 生物学。对于研究信号通路、调控机制及疾病机理的科学家来说，它提供了一种扩展 PTM 覆盖范围且不影响分析严谨性的强大方法。