一天内从归档的FFPE组织获得生物标志物洞察

甲醛固定石蜡包埋（FFPE）组织是转化研究中最有价值（也是最具挑战性）的样本类型之一。医院拥有大量与诊断、治疗历史和临床结果相关联的FFPE样本库，使其成为回顾性生物标志物发现的宝库。但传统的FFPE蛋白质组学方法由于甲醛固定会产生交联和化学修饰，而石蜡去除和交联逆转又增加了额外操作步骤，这些都会导致变异性增加并降低通量。最近技术说明由赛默飞科学家的技术说明展示了如何通过围绕Thermo Scientific Orbitrap Astral 质谱仪以及Thermo Scientific OptiSpray 离子源构建的简化、高通量 FFPE 工作流程来改变传统做法，旨在减少人工处理、保持仪器清洁，并在大规模队列中提供深入且可重复的数据。

在所展示的工作流程中，FFPE 肺肿瘤组织及其匹配的正常肺切片经过脱蜡（使用二甲苯和乙醇洗涤），蛋白质被提取并逆转交联，然后利用Thermo Scientific EasyPep Mini MS 样品制备试剂盒进行消化和净化。该技术说明强调，从样品制备到 LC–MS分析再到数据处理的完整流程可在一天内完成，为大规模队列研究提供快速周转。

在 LC–MS 分析方面，作者强调通量灵活性：约20分钟梯度可实现每天60个样品（SPD），约6.8分钟梯度可实现每天180个样品，超快约2.3分钟分离可实现每天500个样品。在最深度分析条件下（60 SPD，200 ng 上样量），报告最多约8,600个蛋白组和约105,000个肽段，并展示随着通量增加，检测深度有所下降，，同时保留大量覆盖率（180 SPD 时约70%蛋白，500 SPD 时约45%）。高通量并未影响定量准确性。蛋白质中位变异系数依然较低（60 SPD 时约5–6%，高通量方法时约7–10%），不同方法间肿瘤/正常倍数变化高度一致（Pearson r 高达0.93）。

在60 SPD下的差异表达分析发现约1,500个在肺肿瘤与正常组织之间显著变化的蛋白质组，相关通路富集结果与肿瘤代谢、缺氧信号、细胞外基质（ECM）重塑及免疫相互作用一致。