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对存在 SARS-CoV-2 的未知样本的应对
我们如何更好地规划、鉴定我们在社区中发现的突变并做出响应？
病原体检测界正携手努力，针对新出现的 SARS-CoV-2 病毒突变开发解决方案。
显然，有必要继续开展鉴定这些样本的监测工作。最近出现了与对 SARS-CoV-2 样本进行测序以确认突变同样重要的需求。
什么是流行病学监测？
全球流行病学监测对于了解病毒病原体的演变和监测传染性、毒性和疾病病理变化至关重要。因此，全球监测在主动管理病原体方面发挥着核心作用。
监测病毒性疾病中的突变（有时称为基因监测）对进一步表征病毒毒株以及监测群体水平的病毒传播以评估防控策略的有效性具有重要影响
欧洲近期的基因监测发现，SARS-CoV-2 突变的 B.1.1.7 变体比参考毒株具有“显著的传输优势”。
使用 NGS 进行 SARS-CoV-2 研究的相关教育资源
SARS-CoV-2 谱系 B.1.1.7 在英格兰的传播：从关联的流行病学和基因数据中获得发现
流行病学监测信息图
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"迅速运行多份样本并准确地破译病毒基因密码关键变化的能力，对全球科学界继续走在 SARS-COV-2 研究前列、制定相关策略并最终借助这些策略来帮助解决疫情来说至关重要”
Maria Rosaria Capobianchi 博士
意大利罗马国家传染病研究所“L. Spallanzani”病毒学处主任
监测是减缓 SARS-CoV-2 病毒传播的系列抗争中一种强有力的工具SARS-CoV-2 变体数量的不断增加带来了一些重要问题，包括：
一种新变体是否：
- 会避开采用特异性试验的检测？
- 比参考毒株更快地在人群中传播？
- 会导致更温和或更严重的人类疾病，如 COVID-19？
- 显示出对单克隆抗体等治疗药物的敏感性下降？
- 可避开疫苗诱导免疫？
流行病学监测要求实验室在样本追踪和后续工作中格外小心。这项工作至关重要。
多种未追踪变体的潜在影响值得注意：
图 1.新 SARS-CoV-2 变体的潜在影响。来源：美国 CDC。
这种净影响带来了一些对以下方面相关潜在影响的担忧：人群间传播、对现有治疗手段反应的降低、疫苗的效果，以及对潜在的未来治疗带来的挑战。
赛默飞世尔科技开发了一套全面的解决方案，帮助从事全球、区域和当地 SARS-CoV-2 突变监测工作的实验室顺利开展相关工作。欲进一步了解如何将这些工作流程集成到您的实验室，我们可以派遣一位您当地的技术专家与您联系。
流行病学监测
监测 SARS-CoV-2 病毒基因组中的突变，以检测新出现突变并识别新的未知变体。这一工作可通过对整个病毒基因组、特定节段或目标基因进行测序来实现。
新一代测序
毛细管电泳
突变验证
对阳性临床样本进行毒株鉴定，以通过研究病毒基因组上的特定节段或靶点来确定是否存在特定突变，从而确定是否存在与特定毒株相关的已知突变。
毛细管电泳
- SARS-CoV-2 研究的 Sanger 测序解决方案
- 博客：B.1.1.7 (501.V1) SARS-CoV-2 毒株谱系中 S 基因突变的监测解决方案
- SARS-CoV-2 B.1.1.7 和 B.1.351 毒株谱系的 Sanger 测序方案
实时荧光定量 PCR
• 使用实时荧光定量 PCR 鉴定是否存在与 SARS-CoV-2 变体相关的突变：TaqMan SARS-CoV-2 突变检测组合
无论您的实验室运行冠状病毒检测，或想要通过验证 SARS-CoV-2 测序样本中的突变来消耗过剩的测序产能，快速评估情况充满了挑战性。您可能会问：
- 考虑了哪些方法：CE、NGS、qPCR？
- 是否需要对阳性样本进行突变验证？
- 是否执行检测以进行基因监测？
- 是否对靶标基因或者数量更多的突变进行测序？
- 需要测序的样本有多少？
- 需要送出样本进行测序吗？
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