Orbitrap Exploris 480与新一代离子淌度FAIMS Pro无缝连接

2019年ASMS，赛默飞重磅推出了全新一代的Orbitrap Exploris 480 质谱仪，同时也升级了很多新的功能，其中重要一项是能与FAIMS Pro (High-Field Asymmetric Waveform Ion Mobility Spectrometry，高场非对称波形离子迁移谱)兼容。

FAIMS Pro大家可能比较陌生，有的实验室已经用上了FAIMS Pro，它是赛默飞在2018年的全球质谱大会IMSC上推出的下一代离子淌度技术，最早和TNG系列的质谱（三合一质谱，Orbitrap Fusion，Orbitrap Fusion Lumos以及TSQ Quantis，TSQ Alits）兼容。

FAIMS Pro加装在Orbitrap Fusion Lumos后，不管是蛋白质鉴定数目，蛋白定量准确性和精确度，TMT定量准确性，交联肽段鉴定数目还是PTM鉴定数目都有了很大的提升。

那么Orbitrap Exploris 480 质谱仪在加装了FAIMS Pro之后的性能如何呢？

这里将为大家展示最新Orbitrap Exploris 480 质谱仪加装了FAIMS Pro的实验数据。

60min色谱梯度肽段和蛋白鉴定数目

首先，用293T酶切肽段进行60min色谱梯度测试Orbitrap Exploris 480 质谱仪鉴定到的肽段和蛋白数目。60分钟的色谱柱梯度是大家经常用的梯度，一般用来进行质谱的QC。200ng 293T 60min梯度鉴定到了5455个蛋白，500ng 293T鉴定到了6054个蛋白，1µg 293T鉴定到的6361个蛋白。

拿到这样的测试结果我们对FAIMS Pro和Orbitrap Exploris 480 质谱仪充满了信心，继续进行90min，120min和150min的测试。

我们直接展示实验结果：

从上面的结果，我们看出Orbitrap Exploris 480 质谱仪在蛋白鉴定数目上有了很大的突破。

1µg 293T  90min鉴定6618个蛋白，120min鉴定6827个蛋白，150min鉴定7125个蛋白。这组数据中最好的结果是2µg 293T 150min鉴定了7481个蛋白，基本上达到了单针DDA的极限。

Orbitrap Exploris 480的定量性能考察

加装FAIMS Pro之后的Orbitrap Exploris 480 质谱仪，蛋白鉴定数目有很大的提升，那他的鉴定能力如何？之前我们得出的一致结论是DDA扫描模式在定量上的性能不如DIA，具有重现性差，missing value高，CV大等劣势，那加上FAIMS Pro对DDA的定量性能有没有提高呢？

我们还是先看下面一组数据，500ng 293T进行3次技术重复，肽段水平上3次共同鉴定到33880条肽段，蛋白水平上共同鉴定到5504条肽段，3次技术重复定量的median CV值是5.9%。

可以看出FAIMS Pro由于进行了气态离子分级，减小了每一次进入质谱的离子复杂程度，依赖于一级母离子定量的DDA方法的性能有了很大的提升，其定量的性能已经能够与DIA媲美。

更多的实验细节

总结

Orbitrap Exploris 480 质谱仪在兼容FAIMS Pro之后其蛋白鉴定数目有了很大提高， 60min即能够鉴定6361个293T细胞系蛋白，150min鉴定7481个293T细胞系蛋白，刷新了Orbitrap蛋白鉴定的高度，同时FAIMS Pro由于进行了气态地分级，DDA定量的性能有很大的提高。

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