随着高分辨质谱技术不断发展,代谢组学能够检测到的化合物数量持续增加。然而,对于研究者而言,更重要的问题是:实验获得的数据,是否足够真实地反映了生物样本本身?

复杂生物样本中,高丰度离子干扰、低丰度代谢物遗漏以及动态范围限制,都会影响最终获得的代谢图谱。近期,奥斯陆大学医院代谢组学与脂质组学团队结合多年研究实践,分享了他们对于全局代谢组学的思考,并系统评估了增强动态范围(Enhanced Dynamic Range,eDR)技术在复杂样本中的应用表现。研究表明,通过优化数据采集策略,可以进一步提升低丰度代谢物检出能力,使获得的数据更加接近生物样本的真实代谢组成。

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不止"非靶向",重新定义全局代谢组学

奥斯陆大学医院团队提出了一个值得关注的观点:相比行业普遍使用的"非靶向代谢组学(Untargeted Metabolomics)",他们更倾向于使用"全局代谢组学(Global Metabolomics)"这一表述。

两种说法对应的是同一类技术,但强调的研究目标有所不同。

“非靶向”侧重检测方式的无预设性,而“全局代谢组学”聚焦研究维度的完整性与真实性。全局代谢组学关注的,并不是谱峰数量或化合物列表的不断增加,而是尽可能保留样本中的原始代谢信息,使实验获得的数据更加接近生物体真实的代谢状态。这也是团队十余年来持续探索的研究方向。

在多组学研究体系中,代谢组是最贴近临床表型与生命实时状态的研究维度。不同于稳态特征显著的基因组、转录组、蛋白质组,代谢组可对疾病进展、药物干预、饮食运动、环境刺激做出极速动态应答。因此,越完整、越保真的代谢图谱,越有助于研究者理解复杂生物学过程,并发现新的代谢特征


优化动态范围,让更多低丰度代谢物进入检测范围

针对高低丰度代谢物信号失衡、低丰度功能标志物易丢失的行业痛点,团队重点验证并推介了eDR技术,并用一个生动且精准的比喻定义其核心价值:eDR,是质谱检测领域的“罗宾汉”

eDR通过优化不同丰度离子的采集策略,在保持定量准确性的基础上,降低高丰度离子的影响,提高低丰度代谢物的检测机会,使整体代谢图谱更加接近样本真实组成。

图1|优化动态范围,帮助获得更完整的代谢图谱

图1|优化动态范围,帮助获得更完整的代谢图谱

eDR通过将完整MS质量范围划分为多个Orbitrap子扫描窗口,实现不同丰度离子的更加均衡采集。对于全局代谢组学而言,优化动态范围不仅改善了谱图质量,更提高了复杂样本中低丰度代谢物的检测机会,使获得的数据更加接近样本真实代谢组成。


研究结果:复杂样本覆盖能力进一步提升

奥斯陆大学医院团队依托标准参考血浆、EDTA临床血浆、干血斑(DBS)等主流科研与临床样本,完成了eDR技术的多场景、系统性验证,硬核数据充分印证其应用价值。


图2|参考血浆样本代谢物覆盖能力显著提升

采用eDR后,参考混合血浆样本检测到的化合物数量突破7500种,较传统检测流程提升619%;数据库有效注释代谢物数量提升超139%,大量原本无法识别的低丰度功能代谢物,成功纳入标志物筛选与机制研究体系。

图3|改善复杂基质干扰,提高低丰度代谢物检测能力

图3|改善复杂基质干扰,提高低丰度代谢物检测能力

针对EDTA血浆样本,eDR有效降低高丰度基质离子的影响,使与其共洗脱的亮氨酸/异亮氨酸、CAR(2:0)、Thr-Asp等低丰度代谢物获得更高信噪比,进一步改善复杂样本中的代谢物检测能力。

图4|进一步释放干血斑样本中的代谢信息

在干血斑(DBS)样本中,eDR获得了更多MS¹特征峰及更高的数据库注释数量,进一步释放了微量样本中的代谢信息,为干血斑等新型样本的代谢组学研究提供了更加丰富的数据支持。

图5|智能MS/MS采集进一步拓展代谢组学信息深度

图5|智能MS/MS采集进一步拓展代谢组学信息深度

结合AcquireX™智能MS/MS采集策略,研究获得了更多差异代谢特征及更丰富的MS/MS数据,并成功鉴定传统采集模式未能发现的低丰度脂质,为未知代谢物解析和生物标志物发现提供了更加全面的数据基础。


小结

奥斯陆大学医院团队认为,未来推动全局代谢组学发展的,不仅是检测能力的持续提升,还包括代谢物注释体系、长期质量控制以及标准化流程建设。

从"检测更多"到"还原更多",全局代谢组学的发展重点正在发生变化。

如何获得更加完整、更可靠、更接近生物样本真实状态的数据,将成为未来研究持续关注的重要方向。

对于研究者而言,技术创新的价值,不只是获得更多数据,而是帮助我们更加真实地认识生命系统。


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