2D-5D 可视化及分析软件

Amira for Life & Biomedical Sciences

Thermo Science Amira 软件是一款功能强大的多层面 2D-5D 平台,可以用于可视化、处理和理解不同模态的生命科学数据,包括 CT、MRI、3D 显微镜和其他技术采集的图像。

Amira 软件处理图像兼具速度和灵活性的优势,能在结构和细胞生物学、组织成像、神经科学、临床前成像和生物工程等研究领域实现先进的 2D-5D 生物成像工作流程。

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了解活细胞及其动态过程需要分析来自各种成像系统和模态的数据,而这些图像数据全都使用不同的文件格式。每个实验装置都可能为数据处理带来独特的挑战。多尺度动态过程需要跟踪大小不一的物体,从达到衍射极限的颗粒物到整个细胞。每个数据集中可能有几十到数万个物体。此外,细胞内过程由亚细胞结构支持,这些亚细胞结构也需要被识别和量化。
Amira 软件提供了一组完善的工具,用来灵活准确地分析细胞动态过程中采集的时间序列数据。借助这组工具,研究人员能够对细胞内和细胞间图像执行专门的分割工作流程,并提供功能强大的自动物体追踪解决方案。

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C Elegans cell and its nuclei

秀丽隐杆线虫细胞及其细胞核图像由纽约州立大学石溪分校 Liang Gao 实验室收集。

研究大脑和神经功能需要熟知大量实验方法,从细胞制备到图像采集和分析。
Amira 软件旨在为研究人员提供最常用的图像分析技术,例如纤丝提取和编辑、DTI 分析、脑灌注分析和物体跟踪)。Amira 软件的多功能性与最先进的 3D 可视化和图像处理相结合,使研究人员能够创建自定义工作流程,进而从图像中准确提取所需的信息类型。

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Alzheimer's molecule

临床前图像分析依赖于扩充来自 microCT 或 MRI 系统的结构信息以及来自 PET、SPECT 或光学成像仪器的功能数据。分析候选新药需要根据不同时间获取的动物解剖结构图像实现功能图像的精准定位。
Amira 软件可融合任何类型的临床前图像数据。利用 Amira 软件庞大的图像分析过滤器和算法库,可以分割和分析联合配准图像。图像分割和量化工作流程可应用于动态过程的时间序列图像。借助 Amira 软件的专业级可视化工具,可以扩充 CT 和 MRI 获得的结构信息,对分割结果和功能图像一起渲染呈现,从而实现生理过程的可视化,以直观的动画形式揭示潜在机制。

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Mouse bones segmentation
由台湾国立实验动物中心-国立应用研究实验室提供。

主要特点

  • 处理在任何尺度、任何规模处理任何模态的数据:

- Bio-Formats生物格式
- Bitmap formats位图格式
- 显微镜:电子和光学
- 医学和神经图像格式
- 分子格式
- 其他采集设备(MRI、X 线放射成像等)

  • 有限元建模、几何建模、CAD
  • 支持多数据/多视图、多通道、时间序列、超大数据
  • 缩放、校准、格式转换、重新采样
  • 图像增强、能满足各种需求的滤波和卷积、傅立叶变换
  • 伪影消除算法
  • 先进的多模式 2D/3D 自动配准
  • 图像对齐、算术运算、相关、融合
  • 交互式高质量体渲染和多通道可视化
  • 正交、倾斜、圆柱形和弧形切面
  • 轮廓和等值面提取
  • 最大信号或其他类型投影
  • 矢量和张量可视化
  • 对象和追踪
  • 分子可视化
  • 阈值和自动分割、对象分离、自动标记
  • 区域生长、活动轮廓、插值、卷绕、平滑
  • 形态学处理,包括分水岭和盆地
  • 基于机器学习的分割
  • 自动追踪单个纤维和丝状体
  • 骨架化和纤丝网络提取
  • 交互式工具,用于生成或编辑分割和空间图形
  • 3D 表面重建
  • FEA/CFD 网格生成
  • 直观的模板菜单创建、自定义、自动重放
  • 内置测量项目,包括计数、体积、面积、周长、长径比和方向
  • 用户定义的测量指标
  • 内含电子表格工具和图表的结果查看器
  • 自动单个特征测量、3D 定位和电子表格选择
  • 自动统计、分布图
  • 使用任何测量标准进行特征过滤
  • 数据配准、变形、比较和测量
  • 动画和视频生成
  • 高级关键帧和物体动画
  • 混合图像、几何模型、测量和模拟
  • 注释、测量图例、柱状图和曲线图
  • 导出电子表格、3D 模型和高质量图像
  • 主动和被动 3D 立体视觉
  • 单屏和多屏显示
  • 沉浸式环境
  • 定制 C++ 模块开发
  • MATLAB™ 桥
  • Python 脚本 API

Amira 软件仅供科研使用。不可用于诊断。