Proteome Discoverer 软件

综合、可扩展的智能平台

凭借 Thermo Scientific Proteome Discoverer 软件，您可以获取一整套适用于复杂采集方法的可定制数据分析工作流程。您能够管理用于统计分析、生物注释和数据解析工具的数据集，以简化各类蛋白质组学工作流程中复杂生物样品蛋白质的鉴定和定量。该软件简化并支持从蛋白质和肽鉴定到 PTM 分析、同量异序质量标记和非标记定量的多种蛋白质组学应用。Proteome Discoverer 软件支持多种数据库搜索算法和解离技术，可提供更全面、更完整的分析。

借助 MSAID 的智能 INFERYS™ Rescoring 和新颖的 CHIMERYS™ 智能搜索算法，超越搜索，走向发现。这些创新方法显著提高了特征肽鉴定的鉴定率和数量。它们还改善了蛋白质覆盖范围和定量功能，促进了更有效的数据采集方案，并使科学家能够从现有和新采集的数据中得出更多的生物学见解。

了解如何将蛋白质组学质谱数据转化为见解

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隐藏痕量——使用嵌合谱提高蛋白鉴定率

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使用免疫肽组学鉴定和定量主要组织相容性复合物（major histocompatibility complex，MHC）抗原。

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主要优点

自定义数据分析	进行相对定量	可扩展的工作流程工具
使用基于节点的工作流程编辑器来自定义数据分析，以实现最大的覆盖范围和可靠性。整合来自多个搜索引擎的数据库搜索结果，如 SEQUEST™ HT、Mascot、MSAmanda、由 Protein Metrics 开发的 Byonic™ 和 Thermo Scientific ProSightPD 软件。采用 INFERYS Rescoring 提高肽鉴定和定量的可靠性，并使用 CHIMERYS 智能搜索算法更深入地挖掘数据。	在以下应用中测量和报告同位素标记多肽的相对表达水平： TMT SPS MS3 糖肽鉴定与定量分析磷肽鉴定与定量分析自上而下蛋白质组学交联使用集成的统计和可视化工具可靠、高效地解读数据，以便更快得出有意义的结果。	利用第三方节点和脚本节点进行自定义构建，同时保持与 Proteome Discoverer 软件框架的完全集成，以利用可视化和统计工具将分析提升到新的水平。

自定义数据分析

进行相对定量

可扩展的工作流程工具

使用基于节点的工作流程编辑器来自定义数据分析，以实现最大的覆盖范围和可靠性。整合来自多个搜索引擎的数据库搜索结果，如 SEQUEST™ HT、Mascot、MSAmanda、由 Protein Metrics 开发的 Byonic™ 和 Thermo Scientific ProSightPD 软件。采用 INFERYS Rescoring 提高肽鉴定和定量的可靠性，并使用 CHIMERYS 智能搜索算法更深入地挖掘数据。

在以下应用中测量和报告同位素标记多肽的相对表达水平：

TMT SPS MS3
糖肽鉴定与定量分析
磷肽鉴定与定量分析
自上而下蛋白质组学
交联

使用集成的统计和可视化工具可靠、高效地解读数据，以便更快得出有意义的结果。

利用第三方节点和脚本节点进行自定义构建，同时保持与 Proteome Discoverer 软件框架的完全集成，以利用可视化和统计工具将分析提升到新的水平。

用于蛋白质组学研究的综合工具

凭借多种搜索算法和结合多种算法输出的能力，Proteome Discoverer 软件可通过交叉验证提高结果和决策的可靠性。采用智能 INFERYS Resccoring 增强搜索，以提高肽鉴定和定量的可靠性。利用人工智能和 CHIMERYS 智能搜索算法更深入地挖掘数据，以揭示新的见解，从而大幅增加特征肽鉴定的数量，改善蛋白质覆盖范围，并扩展定量分析能力。

支持与专用搜索引擎配合使用的碰撞诱导解离 (CID)、高能碰撞诱导解离 (HCD) 和电子转移解离 (ETD) 等多种解离技术，可完全覆盖翻译后修饰 (PTM) 的序列并提高其鉴定可信度。

可定制的数据分析工作流程

通过可定制的工作流程（包括对多种定量工作流程的全面支持）来自动化和简化数据分析。通过使用 TMT 或其他同位素标记策略进行同量异质质量标记，或者利用非标记定量技术，享受定量的实验灵活性。通过研究管理将定量数据映射到生物学信息，并利用快速、可靠的峰值选择和肽定量算法，从定量蛋白质组学研究中提取尽可能多的信息。

通过生成可直接导入仪器方法的包含和排除列表，改善采集策略。根据由 HUPO 蛋白质组学标准计划 (PSI) 开发的数据标准，轻松、可靠地进行数据对比、交换和验证。