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寡核苷酸应该在含有7M尿素的聚丙烯酰胺凝胶上检测,并且应该与50%的甲酰胺溶液一起上样以避免压缩和形成二级结构。长度相同但是组成不同的寡核苷酸可以产生不同的电泳结果。dC的迁移最快,其次是dA、dT,最慢的是dG。带有核糖核酸的寡核苷酸容易产生模糊的电泳条带,并且通常存在二级结构问题。
在进行PCR之前应将引物按单次使用的量分装。将分装的引物在94度下加热1分钟。在加入PCR反应体系前快速在冰上冷却引物。有些引物可能会自己退火或者自己蜷缩起来。
引物的干燥方法会使其附在管壁上形成一个薄层而不是附在底部,因此并不是总能看到沉淀,这种情况下产品仍可以正常使用。
如果寡核苷酸受热过度,它看上去就像一个“球”状沉淀附在管子的底部。这应该不会影响到寡核苷酸的质量,并且该寡核苷酸应该是易溶于水的。
如果寡核苷酸看上去是绿色的,最有可能是墨水落入离心管中。该寡核苷酸应仍然是具有功能的。您可通过乙醇沉淀法去除该颜色。