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DNA 测序系统
用于 Ion Torrent™ 系统的 Ridom™ SeqSphere+ 软件(学术/政府)
Ion Torrent™
用于 Ion Torrent™ 系统的 Ridom™ SeqSphere+ 软件(学术/政府)
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4483697
相关应用:
Ion Torrent™ Next-Generation Sequencing
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Ion Torrent™
用于 Ion Torrent™ 系统的 Ridom™ SeqSphere+ 软件(学术/政府)
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4483699
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Ridom 的 SeqSphere+ 软件可自动处理和分析获取自 Ion Torrent™ 系统的微生物序列数据。SeqSphere+ 软件支持全基因组微生物分型 (MLST+) 或传统 MLST 测序项目。此软件可帮助单独实验室和分散的工作组(客户端/服务器模式)轻松分享数据。许可证选项有 1、3 或 5 年;2 或 5 个席位以及商业或学术/政府实验室。
Ridom SeqSphere+ 软件特点:
•
用户友好:
无需脚本技巧或生物信息学家
•
高度自动化工作流程:
下载预设计任务模板或创建定制模板,然后将其应用于数百种菌株的分析,几乎无需用户干预。
•
单一、扩展命名服务:
全球、独特的命名服务,支持“分子分型世界语”
•
DNA 重新测序编辑器:
编辑和分析 Ion Torrent™ 数据(例如 MLST、MLST+)的参比映射组装,可自动校正均聚物相关插入/删除错误。
•
Sanger 数据:
组装、编辑和分析 Sanger CE 测序数据(例如 MLST)。
•
分析工具:
从流行病学、进化或功能分析的对照表中选择数据条目。使用极小生成树或 UPGMA/邻接树对数据条目进行聚类和可视化。
•
数据库:
--从存储在集成数据库中的流行病学和 DNA 序列数据中存储、搜索、检索、导出和创建报告。根据存储的数据搜索新序列条目。
--数据字段符合 NCBI BioSample 的元数据要求。支持数据条目合理性检查。
•
细菌分型:
使用公共或自定义的查询库和任务模板,通过用户自定义的质量参数(例如,覆盖率、终止密码子)自动进行细菌分型。
•
Ridom 社区:
--快速且易于与其他机构分享任务模板,或从任务模板“存储”中在线下载这些模板。
--可选择为命名和流行病学数据的单一、全球、扩展、公共可用数据库作出贡献。大型(上述)国家机构可根据要求获取其自身的流行病学数据服务器。
•
安全:
--传输中的数据加密 (SSL)
--多种可配置的用户角色、用户组和访问控制
--审计跟踪功能(人员、时间和定义)
计算机规格(下限)
客户端计算机 OS:
Windows™ 7 64-bit,CPU:Core i5,RAM:8 GB,HD:500 GB,使用公共 Ridom MLST+ 命名服务器 & 任务模板“储存”需要 Internet 连接(支持使用专用和本地命名法并生成自定义任务)。
服务器计算机操作系统:
Windows™ 7/Linux 64-bit(推荐 Ubuntu LTS),CPU:Core i5,RAM:8 GB(如果在本服务器上完成了 MIRA 从头组装,则建议使用 48 GB),HD:2 TB(建议使用 RAID 级别 1 或 5),建议不要将 NGS 计算机用作服务器。
For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
规格
产品线
Ridom™ SeqSphere+
原始材料
DNA
适用于(设备)
测序数据分析
许可证
学术,5 个席位,3 年,政府
操作系统
Ion Personal Genome Machine (PGM™) 系统
产品类型
软件
图表
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