Axiom™ 多种属大盖巨脂鲤和细鳞肥脂鲤基因分型阵列 (Axiom SerraSNP)，迷你96规格

Axiom 多种属大盖巨脂鲤和细鳞肥脂鲤基因分型阵列 (Axiom SerraSNP) 是我们 Axiom 基因分型解决方案的组成部分，其所含的靶标基因组 DNA 均在 GeneTitan 多通道仪器上制备和处理。该自动化过程包括将 gDNA 与该高通量微阵列杂交，然后进行染色、洗涤、成像和输出 SNP 基因分型数据以供进一步分析。

Axiom 多种属大盖巨脂鲤和细鳞肥脂鲤基因分型阵列是与圣保罗州立大学（UNESP，CAUNESP，Jaboticabal - 巴西）的 Diogo Teruo Hashimoto 博士和智利大学的 José Manuel Yáñez 博士合作设计的。该阵列包含大盖巨脂鲤的29,575个 SNP 和细鳞肥脂鲤的29,612个 SNP。此外，通过将大盖巨脂鲤和细鳞肥脂鲤的 SNP 标记物用作应用于选择性育种计划和保护/种群研究的宝贵资源的转化率，验证了密切相关的锯脂鲤科—短盖肥脂鲤的3000个多态性 SNP。该阵列也具有 384HT 规格（货号551218）。

大盖巨脂鲤内容物
• 包含29,575个 SNP
• 从南美洲（巴西、哥伦比亚和秘鲁）的商业孵化场和巴西圣保罗州立大学 (Unesp) 水产养殖中心 (Caunesp) 的亲鱼获得用于 SNP 发现的样品
• 由 ddRADseq、GBS1 和 RNAseq2,3 技术产生的81,848个 SNP 最初在
• 计算机预测中确定以根据 Axiom 阵列标准选择较好的探针，产生了42,851个推荐标记物
• 针对最后一组选择具有多态高分辨率和无相邻多态性的多态性 SNP
• 通过对来自巴西、哥伦比亚和秘鲁的样本进行基因分型来验证阵列
• 平均 MAF 值为0.247，代表具有高等位基因频率的 SNP

Pacu 内容物
• 包含29,612个 SNP
• 从巴西圣保罗州立大学 (Unesp) 水产养殖中心 (Caunesp) 的育种核心群全同胞家系获得用于 SNP 发现的细鳞肥脂鲤
• 由 RADseq4、ddRADseq 和 RNAseq5 技术产生的130,403个 SNP 最初在
• 计算机预测中确定以根据 Axiom 阵列标准选择较好的探针，产生了99,682个推荐标记物
• 针对最后一组选择具有多态高分辨率和无相邻多态性的多态性 SNP
• 通过对来自巴西不同商业孵化场的亲鱼样品进行基因分型来验证阵列
• 平均 MAF 值为0.203，代表具有高等位基因频率的 SNP

应用
• 全基因组关联研究
• 分子育种（关联映射和基因组选择）
• 群体遗传学（区分鱼类起源）

所需产品
GeneChip Command Console 软件
GeneTitan 多通道仪器
Axiom Analysis Suite 软件
Axiom 长格式导出工具 (AxLE)

参考文献
1.Nunes, J. R. S., Liu, S., Pértille, F., Perazza, C. A., Villela, P. M. S., Almeida-Val, V. M. F., Hilsdorf, A. W. S., Liu, Z. & Coutinho, L. L. Large-scale SNP discovery and construction of a high-density genetic map of Colossoma macropomum through genotyping-by-sequencing.Sci.Rep.7, 46112 (2017).
2.Ariede, R.B., Freitas, M.V., Hata, M.E., Mastrochirico-Filho, V.A., Pilarski, F., Batlouni, S. R., Porto-Foresti, F. & Hashimoto, D. T. Microsatellites associated with growth performance and analysis of resistance to Aeromonas hydrophila in tambaqui Colossoma macropomum.Front.Genet.9, 3 (2018).
3.Gomes, F., Watanabe, L., Vianez, J., Nunes, M., Cardoso, J., Lima, C., Schneider, H. & Sampaio, I. Comparative analysis of the transcriptome of the Amazonian fish species Colossoma macropomum (tambaqui) and hybrid tambacu by next generation sequencing.PloS One 14, e0212755 (2019).
4.Mastrochirico-Filho, V. A., Borges, C. H. S., Freitas, M. V., Ariede, R. B., Pilarski, F., Utsunomia, R., Carvalheiro, R., Gutierrez, A. P., Peñaloza, C., Yáñez, J. M., Houston, R. D. & Hashimoto, D. T. Development of a SNP linkage map and genome-wide association study for resistance to Aeromonas hydrophila in pacu (Piaractus mesopotamicus).BMC Genomics 21, 672 (2020).
5.Mastrochirico-Filho, V. A., Hata, M. E., Kuradomi, R. Y., Freitas, M. V., Ariede, R. B., Pinheiro, D. G., Robledo, D., Houston, R. & Hashimoto, D. T. Transcriptome profiling of pacu (Piaractus mesopotamicus) challenged with pathogenic Aeromonas hydrophila: inference on immune gene response.Front.Genet.11, 604 (2020).