Oncomine™ 泛癌种液态活检试剂盒

Oncomine 泛癌无细胞检测是检测从全血血浆浆组分中分离出肿瘤来源 DNA 和 RNA 中多个靶标的完整解决方案的一部分。该测定试剂盒提供了试剂，以及用于从单管 10 mL 全血的血浆组分中获得的无细胞总核酸 (cfTNA) 制备扩增子文库的一池多重 PCR 引物。该文库可用于高度多重靶向下一代测序 (NGS)。

Oncomine 无细胞检测的优势：
•从单管血液中，使用 DNA 和 RNA 生成扩增子文库，SNV 检测限为 0.1%
• 适用于短 cfDNA 的优化扩增子设计确保可能较高的捕获率
• 标签测序技术通过去除随机掺入的错误，尽可能减少假阳性结果
• 优化的靶向测定试剂盒设计可进行高度多重 NGS，降低每份样品的测序成本
• 从单管 10 mL 血液至报告为 2 天工作流程；靶向文库的总时间仅为 4 小时
• 仅需 5 ng 上样量 cfTNA 即可进行癌症基因研究
• 与 FFPE 样品兼容以进行可能的一致性研究

52 基因检测组合包括：
• 热点基因 (SNV) 和短插入缺失：AKT1、ALK、AR、ARAF、BRAF、CHEK2、CTNNB1、DDR2、EGFR、ERBB2、ERBB3、ESR1、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4、FLT3、GNA11、GNAQ、GNAS、HRAS、IDH1、IDH2、KIT、KRAS、MAP2K1、MAP2K2、MET、MTOR、NRAS、NTRK1、NTRK3、PDGFRA、PIK3CA、RAF1、RET、ROS1、SF3B1、SMAD4、SMO
• 基因融合：ALK、BRAF、ERG、ETV1、FGFR1、FGFR2、FGFR3、MET、NTRK1、NTRK3、RET、ROS1
• MET 外显子 14 跳读
• 拷贝数基因 (CNV)：CCND1、CCND2、CCND3、CDK4、CDK6、EGFR、ERBB2、FGFR1、FGFR2、FGFR3、MET、MYC
• 肿瘤抑制基因：APC、FBXW7、PTEN、TP53

这些基因在多种癌症类型中被确定为频繁突变，包括：膀胱、脑和 CNS、乳房、宫颈、结肠直肠、子宫内膜、食管、胃、头颈部、肾脏、肝脏、肺、黑色素瘤、卵巢、胰腺、前列腺、肉瘤和甲状腺。

检测限：
•SNV/短插入缺失：可实现低至 0.1% 等位基因频率 (AF) 的检测限 (LOD)、灵敏度 >80%、特异性 >98%*
• TP53 全靶 SNV/插入缺失：0.5% AF（查看扩增子内的所有碱基）
•融合和 MET 外显子跳读：可实现低至 1% 的 LOD
•CNV 靶标：可检测低至 1.4 倍的变化

强烈建议使用 MagMAX 无细胞总核酸分离试剂盒 (A36716) 从全血血浆组分中分离 DNA 和 RNA。

使用标签测序条形码套件 1-24 或 25-48（货号分别为 A31830 和 A31847）实现可扩展性和灵活性，用于在 Ion S5 芯片上倍增条形码样品。

可以使用 Torrent Suite 软件 5.2 或更高版本实现 SNV 和短插入缺失分析。为了分析 SNV、短插入缺失、融合和 CNV，需要使用 Ion Reporter 软件 5.6（基于云或服务器）。

技术
cfDNA 和 cfRNA 在全血血浆组分中浓度极低。由于此低发病率，所以该检测中采用了标签测序技术。该技术将独特的分子标签连接至基因特异性引物上。扩增后，将根据标签对已标记分子进行分组。在 80% 或更长的时间含有相同突变体的组将被称为阳性。使用该标签技术，通过文库构建/测序过程生成的随机错误序列能够被清除。

与 LOD 为 1-5% 的其他技术不同，Oncomine 泛癌无细胞测定试剂盒针对 SNV 具有低至 0.1% 的灵活检测限或在 1,000 个野生型拷贝背景中具有 1 个突变体拷贝。为了达到 0.1% LOD，需要 20 ng cfTNA 上样量。cfTNA 用量可以更低，但 %LOD 将更高，这取决于上样量。

液体活检相对于传统实体瘤活检具有几大优势：
•液体活检采样采用微创，可在多个时间点采集样品以监测癌症进展
• 比传统组织活检成本更低
• 从采样至得到结果的周转时间更短
• 更好地表示肿瘤异质性

*使用从正常健康供体中分离的人工阳性样品和 cfTNA，测定各变体类型的敏感性和特异性。