有两种经过优化的缓冲液可供 Thermo Scientific Phusion 高保真 DNA 聚合酶使用：

•5X Phusion HF 缓冲液（F-518L、F-538L（Phusion Green）、F-520L（不含表面活性剂））
• 5X Phusion GC 缓冲液（F-519L 、F-539L（Phusion Green）、F-521L（不含表面活性剂））

Phusion DNA 聚合酶在 HF 缓冲液中的错误率 (4.4 × 10^-7) 要低于在 GC 缓冲液中的错误率 (9.5 × 10^-7)。因此，应该使用 HF 缓冲液作为高保真扩增时的默认缓冲液。但是，GC 缓冲液可以提高 Phusion DNA 聚合酶对一些复杂模板或长模板的扩增性能，例如高 GC含量的模板或具有复杂二级结构的模板。对于微阵列或 DHPLC 等应用，因为其中的 DNA 模板需要不含表面活性剂，所以建议使用不含表面活性剂的反应缓冲液。

5X Phusion Green 缓冲液含有一种密度试剂和两种示踪染料，用于 PCR 产物直接凝胶上样。这种有色的缓冲液不会干扰酶性能，并且与 DNA 测序、连接及限制性酶切等下游应用兼容。

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