SYPRO™ Ruby 蛋白凝胶染色剂

您的样品或凝胶上样孔可能被皮肤或头发中的角蛋白污染。应在上样前用超纯水或电泳缓冲液冲洗凝胶孔。制备样品时，应穿戴实验服和手套；制备样品时，应使用保存于密封塑料袋中而非摆放在实验台上的微量离心管。

蓝色染色剂会吸收红色波长的光，所以它们会吸收SYPRO Ruby染色剂的红色荧光。SYPRO Ruby染色剂也会与这些蛋白结合，但其信号会被有色染色剂淬灭，导致阴性染色并产生黑色条带。含蓝色蛋白的分子量标记物淬灭SYPRO Ruby荧光的实例是，BenchMark预染蛋白Ladder和SeeBlue Plus2预染标准品中的一些蛋白质。若溴酚蓝染色剂在电泳时未完全脱离凝胶，也会出现相同的现象，经SYPRO Ruby染色的凝胶随后使用Coomassie Blue染色剂染色时也会发生信号丢失。大部分其他有色染色剂不会淬灭SYPRO Ruby染色剂的信号，能够得到正常的蛋白染色条带。

SYPRO Ruby蛋白质凝胶染色剂存放时间越久，凝胶上的斑点越多，这是因为SYPRO Ruby染色剂会随时间而发生自聚集。染色剂聚集在染色剂容器、溶液中的污染物或来自空气或手套的颗粒物（包括皮肤和空气中的角蛋白）周围，也会形成斑点。若使用SYPRO Ruby蛋白质凝胶染色剂孵育凝胶数小时或更长时间，染色剂会在容器边缘积累并随着容器的持续摆动而移动，特别是在脱色步骤中，从而形成斑点。灰尘、头发、手套粉末或掉落在凝胶或玻璃成像板上的衣服线头中的自发荧光颗粒物，在成像时也会形成非染色剂斑点。成像仪对凝胶表面特征的聚焦越好，形成的可见斑点越多。

为了将斑点形成和其他背景碎片数量降至最低，应保持实验室卫生整洁，使用电阻率大于18 megohm/cm的超纯水制备溶液，接触凝胶前用水冲洗掉手套上的粉末，使用无尘擦布并穿上实验服或者不要穿可产生大量线头的衣服，每次使用时都用乙醇冲洗染色容器并在下次使用前擦掉所有残留染色剂，每次放置凝胶前用乙醇和水冲洗和擦净玻璃成像表面。在染色和洗涤步骤之间，用乙醇擦掉染色托盘表面积累的染色剂。快速染色步骤应在90分钟内完成，这样可防止大部分斑点的形成。一旦斑点沉积在凝胶表面后，无法将其洗掉。

在凝胶3D图像中，斑点会呈现为较高的尖峰。这些斑点与蛋白质斑点或条带的3D图像看起来不同。一些图像分析软件包具有降噪算法，可轻松识别和去除这类像素化噪音。

SYPRO Ruby蛋白质凝胶染色剂保存超过一年会不稳定。染色剂溶液会逐渐析出沉淀（自聚集），对蛋白条带的染色力度降低，导致凝胶表面的“碎片”或“斑点”增多。由于染色剂会粘在大部分滤纸和滤膜上，因此无法通过过滤从染色剂溶液中除去沉淀。

条带周围的阴影表示由SDS造成了较高的染色背景。将凝胶放在10%甲醇/7%乙酸中脱色稍微久一点，约延长30分钟，然后用水彻底洗涤。为更好地去除凝胶上的SDS并降低起始背景染色，应在以后的实验中尝试延长凝胶固定时间，约增加30分钟。