用于 Ion Torrent™ 系统的 Ridom™ SeqSphere+ 软件（学术/政府）

Ridom 的 SeqSphere+ 软件可自动处理和分析获取自 Ion Torrent™ 系统的微生物序列数据。SeqSphere+ 软件支持全基因组微生物分型 (MLST+) 或传统 MLST 测序项目。此软件可帮助单独实验室和分散的工作组（客户端/服务器模式）轻松分享数据。许可证选项有 1、3 或 5 年；2 或 5 个席位以及商业或学术/政府实验室。

Ridom SeqSphere+ 软件特点：

•用户友好：无需脚本技巧或生物信息学家

•高度自动化工作流程：下载预设计任务模板或创建定制模板，然后将其应用于数百种菌株的分析，几乎无需用户干预。

•单一、扩展命名服务：全球、独特的命名服务，支持“分子分型世界语”

•DNA 重新测序编辑器：编辑和分析 Ion Torrent™ 数据（例如 MLST、MLST+）的参比映射组装，可自动校正均聚物相关插入/删除错误。

•Sanger 数据：组装、编辑和分析 Sanger CE 测序数据（例如 MLST）。

•分析工具：从流行病学、进化或功能分析的对照表中选择数据条目。使用极小生成树或 UPGMA/邻接树对数据条目进行聚类和可视化。

•数据库：
   --从存储在集成数据库中的流行病学和 DNA 序列数据中存储、搜索、检索、导出和创建报告。根据存储的数据搜索新序列条目。
   --数据字段符合 NCBI BioSample 的元数据要求。支持数据条目合理性检查。

•细菌分型：使用公共或自定义的查询库和任务模板，通过用户自定义的质量参数（例如，覆盖率、终止密码子）自动进行细菌分型。

•Ridom 社区：
   --快速且易于与其他机构分享任务模板，或从任务模板“存储”中在线下载这些模板。
   --可选择为命名和流行病学数据的单一、全球、扩展、公共可用数据库作出贡献。大型（上述）国家机构可根据要求获取其自身的流行病学数据服务器。

•安全：
   --传输中的数据加密 (SSL)
   --多种可配置的用户角色、用户组和访问控制
   --审计跟踪功能（人员、时间和定义）

计算机规格（下限）

客户端计算机 OS：Windows™ 7 64-bit，CPU：Core i5，RAM：8 GB，HD：500 GB，使用公共 Ridom MLST+ 命名服务器 & 任务模板“储存”需要 Internet 连接（支持使用专用和本地命名法并生成自定义任务）。

服务器计算机操作系统：Windows™ 7/Linux 64-bit（推荐 Ubuntu LTS），CPU：Core i5，RAM：8 GB（如果在本服务器上完成了 MIRA 从头组装，则建议使用 48 GB），HD：2 TB（建议使用 RAID 级别 1 或 5），建议不要将 NGS 计算机用作服务器。