Axiom™ 苹果基因分型芯片

Axiom 苹果基因分型芯片（Axiom_苹果 480）是通过 Affymetrix 的专家设计项目与 FruitBreedomics 联盟 (www.FruitBreedomics.cn) 合作设计而成。测序和标记选择由 Fondazione Edmund Mach、INRA、Dalhousie 大学、Wageningen UR、Di Bologna 大学和 Degli Studi Di Milano 大学的专家进行。

96 格式的阵列包括从 63 个苹果品种和两个双单倍体种质的全基因组序列数据中所鉴定得到的标记。表 1 列出了 SNP 发现过程中使用的品种数量和相应的原产国。

Axiom 苹果基因分型芯片包括 480000 个标记，并与 Axiom Analysis Suite 软件配合使用，克服了在苹果基因组中观察到的与多倍体、快速连锁不平衡 (LD) 衰减和高度多态性相关的基因分型挑战。

芯片特点
• 高度多样性
• 包括在全球63个苹果品种中发现的标记。• 高分辨率可应对 LD 快速衰减   -芯片上有 487249 个标记
   -偏向次要等位基因频率 (MAF) >0.05 的常见变异
   -包括 21463 个先前已验证的标记：其中 19990 个标记来自市场上现有的 20K Fruitbreedomics 苹果芯片，另外 1473 个标记来自通过测序的基因分型 (GBS) 的鉴定
• 在 SNP 开发过程中通过双单倍体种质的使用而避开旁系同源的变异

Axiom 苹果基因分型芯片的应用
• 构建高分辨率遗传图谱
• 数量性状位点的精细定位
• 全基因组关联研究

所需产品
GeneChip Command Console 软件
GeneTitan 多通道仪 Axiom 苹果基因分型芯片（Axiom_苹果 480）是由 FruitBreedomics 联盟 (www.FruitBreedomics.cn) 与 Affymetrix 专家设计项目合作设计而成。测序和标记选择由 Fondazione Edmund Mach、INRA、Dalhousie 大学、Wageningen UR、Di Bologna 大学和 Degli Studi Di Milano 大学的专家进行。

96 格式的阵列包括从 63 个苹果品种和两个双单倍体种质的全基因组序列数据中所鉴定得到的标记。表 1 列出了 SNP 发现过程中使用的品种数量和相应的原产国。

Axiom 苹果基因分型芯片包括 480000 个标记，并与 Axiom™ Analysis Suite 软件配合使用，克服了在苹果基因组中观察到的与多倍体、快速连锁不平衡 (LD) 衰减和高度多态性相关的基因分型挑战。

芯片特点 高度多样性 包括在全球 63 个 苹果 品种中发现的标记 高分辨率可应对 LD 快速衰减 芯片上有 487249 个标记 偏向次要等位基因频率 (MAF) >0.05 的常见变异 包括 21463 个先前已验证的标记：其中19,990个标记物来自市场上现有的 20K Fruitbreedomics 苹果阵列，另外1,473个标记物通过测序基因分型 (GBS) 鉴别 在 SNP 发现过程中使用双单倍体种质而避开旁系同源的变体 Axiom 苹果基因分型阵列的应用 构建高分辨率遗传图谱 数量性状位点的精细定位 全基因组关联研究

表1：在 Axiom 苹果基因分型阵列的 SNP 发现过程中使用的品种的原产地和数量。 原产地 品种的数量 澳大利亚 1 中欧 39 加拿大 1 伊朗 1 西门答尔 16 日本 1 新西兰 1 北欧 4 俄罗斯 9 突尼斯 1 美国 5