Axiom™ 草莓 FanaSNP 50k 基因分型阵列，384-HT 规格

Axiom FanaSNP 草莓 50K 基因分型阵列涵盖栽培和野生八倍体草莓物种中全基因组范围内的多态性 SNP这是我们 Axiom 农业基因组学基因分型解决方案的组成部分，其中的靶标基因组 DNA 用 GeneTitan 多通道仪器制备和处理。该自动化过程包括将 gDNA 与该高通量微阵列杂交，然后进行染色，洗涤，成像和输出基因分型数据以供进一步分析。该阵列也具有迷你96规格（货号：551042）。

Axiom FanaSNP 草莓 50K 基因分型阵列由加州大学戴维斯分校草莓繁育计划与 Affymetrix 专家设计项目合作设计 (1)。

阵列内容物
• 内容物涵盖范围广：涵盖来自世界各地多种八倍体草莓种质的850,000种亚基因组特异性 SNP。总体而言，在这850,000种标志物探针中，有446,644种探针得到显示二体（异源多倍体）分离且质控合格的多态性 SNP 基因型聚类。整套的446,644种经验证探针可供公众使用。
•采用达到生产规模的阵列设计：已对性能较好的49,483种 SNP 进行了生产活动测试和验证。保留了 iStraw 35K 阵列中的5,809种 SNP 以便连接之前的平台。
•与多个参考基因组结合：通过与 `Camarosa` v1 参考基因组 (2) 进行 WGS 比对来确定 SNP 位置，并更新为 `UCD Royal Royce` (FaRR1) 参考基因组 (3)
• 经过全局表征和验证 通过对47个 F. x ananassa、24个 F. chiloensis 和22个 F. virginiana 个体进行 WGS 重测序来发现变体在包含384个八倍体草莓种质的遗传多样性样本中验证了亚基因组特异性标志物性能变异体。

应用
• 分子遗传学研究和推断
   --QTL 发现和全基因组关联
   --亲本和亲缘分析
• 基因组学和分子育种
   --基因组预测和选择
   --标志物辅助选育
• 新品种发布
   --加快和提高品种开发效率
   --在现有草莓种质中识别是否存在重要标志物
   --使用遗传信息识别在特定生长区域表现良好的种质
• 知识产权保护与验证
   --克隆来源和纯度确认
   --亲子关系验证

所需产品
GeneChip 命令控制台软件
GeneTitan 多通道仪器
Axiom 分析套件软件
Axiom 长格式导出工具 (AxLE)

参考文献
1.Hardigan et al.2020; https://doi.org/10.3389/fpls.2019.01789
2.Edger et al.2019; https://doi.org/10.1038/s41588-019-0356-4
3.Hardigan et al 2022; https://doi.org/10.1101/2021.11.03.467115; https://phytozome-next.jgi.doe.gov/info/FxananassaRoyalRoyce_v1_0; https://datadryad.org/stash/dataset/doi:10.25338/B8TP7G