Axiom 多物种 9 基因分型阵列用于蜜蜂、向日葵、水稻、大豆、菜豆、牛、绵羊、马和犬科动物物种的亲缘鉴定和性状选择。这是我们 Axiom 农业基因组学基因分型解决方案的组成部分,其中的靶标基因组 DNA 用 GeneTitan 多通道仪器制备和处理。该自动化过程包括将 gDNA 与该高通量微阵列杂交,然后进行染色,洗涤,成像和输出基因分型数据以供进一步分析。
Axiom 多物种 9 基因分型阵列含有48,440种基于基因组覆盖率而为高通量生产阵列选择的SNP,这些 SNP 经过良好折衷,包括大量适用于各物种的参考 SNP。该阵列也具有 384-HT 规格(
货号:551416)。
Axiom 多物种 9 基因分型阵列是在 Affymetrix 专家设计项目下与哥伦比亚农业研究所 (ICA)、Agrosavia(哥伦比亚农业研究公司)、Martín Ariel Cantore(向日葵育种者)、Rosina Fossati(Genexa-乌拉圭)、Rosana Vianello 博士、Claudio Brondani 博士以及巴西农业研究公司 (Embrapa) 的研究科学家(包括 Paula Valdisser 女士 [分析员] 和 Isabela Pavanelli 博士 [巴西国家科学技术发展委员会资助的博士后])一起合作设计而来。
阵列内容物 来自以下物种的48,440种 SNP:
• 蜜蜂 (Apis Mellifera):12,000种
• 向日葵 (Helianthus):10,763种
• 水稻:8,875种
--包括 Illumina 微珠芯片 CORNELL-IR_Rice_LD 的4,029种 SNP (1)
• 大豆 (Glicine Max):9,019种
--品种鉴定和遗传改良
• 菜豆 (Phaseolus vulgaris):4,734种
• 牛:2,463种
--采用 ISAG 核心检测板、GenoEx 发现检测板和用于 STR 插补的优化 SNP 进行性状选择、亲缘关系鉴定
• 绵羊:1,991种
--疾病鉴定、亲缘关系标志物、肉质、寄生虫耐药性和易感性标志物、遗传条件
• 马:989种
--跨品种疾病鉴定、遗传条件、ISAG 亲缘关系鉴定(Etalon 和 Tozaki)和来自 Axiom 马基因分型阵列(670K;货号:550583)的430种额外标志物
• 犬:606种
--疾病鉴定(跨品种 >150 种疾病)、遗传条件和 ISAG 亲缘核心检测板
--包含 AgriSeq 犬性状和疾病检测板(货号:A43406)和 AgriSeq 犬 SNP 亲缘关系检测和鉴定检测板(货号:A43407)的标志物
应用 • 亲缘关系分析(牛、马、绵羊和犬)
• 重要经济性状的鉴定
• 遗传改良
• 品种鉴定(大豆)
• 全基因组关联研究
• 遗传变异性研究
• 分子育种:关联定位和基因组选择
• 性状渗入
所需产品 GeneChip 命令控制台软件 GeneTitan 多通道仪器 Axiom 分析套件软件 Axiom 长格式导出工具 (AxLE) 参考文献 1.Morales et al.2020;
https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0232479