硫醇反应性 BODIPY™ FL 马来酰亚胺可产生电中性染料偶联物，该偶联物光谱与带负电荷的荧光素染料相似。该染料缺乏离子电荷，从而对与该荧光基团偶联的标准蛋白的等电点产生的影响极小。BODIPY™ FL 染料的小尺寸和相对较长的激发态寿命经证实有助于通过荧光偏振研究配体-受体相互作用。此外，BODIPY™ FL 染料与波长较长的染料（如四甲基罗丹明和 Texas Red™ 染料）几乎没有光谱重叠，从而可用作多色应用的绿色荧光基团。