使用实时荧光定量PCR进行多重SNP基因分型

技术指南中的分析评估采用DNA Extract All Reagents Kit制备粗裂解液，并使用纯化基因组DNA作为对照；测试体系包括TaqMan™ SNP Genotyping Assays、TaqPath ProAmp预混液配方、QuantStudio实时荧光定量PCR系统，以及Diomni设计及分析软件。

DNA Extract All Reagents Kit 可生成适用于直接用于qPCR实验的粗裂解液，无需在扩增前进行DNA纯化。主要特点如下：

• 支持全血和颊拭子样本
• 样本制备时间约5分钟
• 与柱式纯化流程相比，减少手动操作步骤

这种裂解液直扩方法可简化上游样本处理，同时保持与下游qPCR流程的兼容性。

TaqMan SNP Genotyping Assays 支持实验室基于预设计检测目录或定制检测方案，设计并组装双重或多重SNP panel。主要优势如下：

• 可从超过1,700万种预设计人类SNP检测试剂盒中选择
• 可针对特定变异或物种设计定制TaqMan SNP检测试剂盒
• 可将所选或定制检测组合为多重SNP panel，并通过多重相互作用检查服务评估兼容性

该方案帮助实验室在统一流程中完成从靶标选择到多重panel设计的转化。

TaqPath ProAmp预混液配方采用耐抑制剂化学体系，旨在支持多重SNP基因分型流程中来自粗样本裂解液的可靠扩增。可选方案如下：

• TaqPath ProAmp预混液，含ROX染料：支持2-SNP多重检测，即每个反应检测4个靶标
• 不含ROX染料的定制TaqPath ProAmp预混液：支持更高阶多重检测格式，包括3-SNP多重检测，即每个反应检测6个靶标 

QuantStudi实时荧光定量PCR系统可用于该多重SNP基因分型流程，支持多重荧光染料检测及后续数据分析。主要特点如下：

• 光学通道支持FAM™、VIC™、ABY™和Cy5™等多重染料组合
• 兼容双重及更高阶多重检测配置
• 可生成用于Diomni设计和分析软件分析的运行文件

需使用合适的仪器配置以支持多重检测。

Diomni Design and Analysis（RUO）软件支持多重SNP基因分型数据分析与可视化。主要功能如下：

• 支持双重及多重检测格式的自动基因型判读 
• 支持多孔板分析 
• 为多重SNP panel提供清晰的等位基因分型图 
• 兼容QuantStudio实时荧光定量PCR运行文件 

部分软件版本支持对多重孔位进行手动基因型复核。