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ASMS 2026质谱新品应用: 赛默飞Orbitrap Tribrid Apex 质谱仪系统
面对小分子发现、多组学研究、结构生物学和生物制药分析中日益复杂的样本与表征需求，全新推出的Thermo Scientific™ Orbitrap™ Tribrid™ Apex质谱系统以更强的多功能性、性能与易用性，帮助科研人员拓展解析边界。该平台中融合了先进离子控制、灵活MSn工作流，以及多种不同的正交碎裂方式，可为小分子化合物、蛋白质、代谢物、脂质、寡核苷酸及大分子复合物等多类型目标分子提供更深入的结构信息。借助多项可现场升级的内容，赛默飞Orbitrap Tribrid Apex可伴随研究方向持续演进，为复杂样本的精准鉴定、定量和结构解析提供面向未来的一体化质谱解决方案。
赛默飞Orbitrap™ Tribrid™ Apex质谱仪系统创新点
红外激光
新增 IR 激光辅助碎裂，可正交使用 IRMPD（红外多光子解离），也可结合ETD等方式，提高碎裂效率进一步提高谱图质量。适用于TMT定量分析、翻译后修饰分析、大分子天然结构温和脱溶剂、topdown分析等。
DMT直接质量分析模式
新增直接质量分析的DMT模式，可在单离子情况下同时获取 m/z和z值信息，可在MS1 和 MSn级别使用。适用于膜蛋白、糖蛋白、蛋白复合物等的全面表征。
进一步扩展 Native MS 选项
Orbitrap MSn 检测范围拓展至 m/z 20,000，四极杆隔离范围最高可达 m/z 12,000。适用于非变性情况下分析大分子复合物和蛋白质组装体等。
扫描速度提升
得益于扫描矩阵执行机制的优化，DIA 和 DDA 的Orbitrap MS² 采集速率最高可达 75 Hz，基于离子阱的MSn采集速率最高可达 100 Hz。
智能靶向TMT数据采集
可结合Adaptive RT 功能和实时谱图库检索RTLS，以及IRMPD碎裂模式，构建高通量的靶向 TMT 定量分析的端到端工作流程。
至此，大家一定很关心赛默飞Orbitrap Tribrid Apex质谱系统在不同领域的应用性能，下面就给大家分享一些具体的应用实例。
快速极性切换非靶向代谢组分析
以 6 种茶叶提取物为样品，建立短梯度单次进样正负极性切换 LC-MS 方法。
分辨率相同时，使用极性切换，5min梯度中，IQ-X单个色谱峰仅有 3 个点，Apex单个色谱峰可获得超过6 个点。MS1 扫描总数 Apex 比 IQ-X 多出300多张，提升约50%。最终，Apex 5min短梯度即可获得IQ-X 15min 长梯度可注释化合物的 60%~73%，色谱时长缩短 66%。该工作流适用于高通量非靶向代谢组、脂质组大批量样本检测。
快速极性切换非靶向代谢组分析
以 6 种茶叶提取物为样品，建立短梯度单次进样正负极性切换 LC-MS 方法。
分辨率相同时，使用极性切换，5min梯度中，IQ-X单个色谱峰仅有 3 个点，Apex单个色谱峰可获得超过6 个点。MS1 扫描总数 Apex 比 IQ-X 多出300多张，提升约50%。最终，Apex 5min短梯度即可获得IQ-X 15min 长梯度可注释化合物的 60%~73%，色谱时长缩短 66%。该工作流适用于高通量非靶向代谢组、脂质组大批量样本检测。
未知代谢物结构解析
未知物 m/z=217.1183，该物质无直接匹配，经实时谱图库检索RTLS得到L-茶氨酸（m/z 175.1078）为最优相似物。仪器自动对共有匹配碎片 m/z 158.0817、独有碎片 m/z 112.0757分别采集MS³。MS³谱图比对证实二者共享特征亚结构，证明未知物与茶氨酸骨架相近。仅依靠MS²的碎片，两种候选结构 FISh 打分结果模糊，叠加未知碎片的MS³数据后，可直接排除错误候选结构式，锁定结构。
RTLS 结合 ddMS³（数据依赖多级质谱）策略，基于 mzCloud 谱库实时相似度检索，是未知代谢物高效定性的可行方案：通过匹配/非匹配双碎片 MS³ 采集，明确未知物与已知物共有骨架及独有结构，高效精简候选结构式，突破代谢组未知物鉴定瓶颈。
SQUAD 并行采集进行血浆未知代谢物定性筛选与目标化合物精准定量
NIST SRM 1950 人血浆基质，掺入梯度浓度的同位素标记氨基酸。使用SQUAD方法，对比 IQ-X，Apex可实现苯丙氨酸柱上LLOQ 0.5 fmol，灵敏度提升10 倍，且线性动态范围拓宽至7 个数量级。同时，相较 IQ-X，Apex的一级二级谱图数均得到了大幅增加，可注释代谢物总数提升40%左右。单针进样融合靶向 + 非靶向两种策略，既能精准定量目标代谢物，又可后续回溯挖掘全谱未知代谢变化，兼顾定量精确度与广谱筛选能力。
TMT非靶向定量及定量靶向验证
凭借优化的离子并行性与IR辅助碎裂，赛默飞Orbitrap Tribrid Apex质谱仪可提升TMT分析性能，增强报告离子信号，多肽定量与目标覆盖度，实现更可靠的多重分析。比较采用HCD和IRMPD碎裂发现后者可获得更高的TMT报告离子信号，对比 Ascend，可获得18%的定量多肽数目提升。结合Adaptive RT 和实时谱图库检索RTLS及IRMPD，可比HCD方式定量覆盖度提升2.4倍。
建立Neo-SCOAD新抗原同步验证与挖掘流程
比较HCD和EThcD碎裂方式：两种碎裂鉴定的肽段数重合率为44%，无方法偏向性，二者鉴定结果互为补充。两种碎裂得到的 HLA 等位基因归属、肽结合特征基序基本一致，碎裂方法不改变抗原生物学特征。但EThcD 在每个肽骨架断裂位点产生更多碎片离子，且高置信度序列（CAA＞80%）肽段数量是 HCD 方式下的2倍。
Neo-SCOAD 一体化方法：融合 DDA 非靶向未知肽发现 + tMS2靶向候选新抗原精准分析。由于无靶向采集占用扫描周期，常规DDA 方法肽鉴定总数更高，但 Neo-SCOAD 依托 EThcD 大幅提升目标新抗原序列可靠性，精准解析目标肽 b/y、c/z离子碎片。
Neo-SCOAD 技术整合靶向与非靶向工作流，在拓展免疫肽组检测广度的同时，精准提升候选免疫治疗靶点（新抗原）可靠性。
DMT 模式在完整蛋白和top-down水平的应用
使用Aquaporin Z膜蛋白标准品进行结合实验：非变性条件下，利用DMT模式，可清晰解析膜蛋白与不同数量分子的非共价结合状态，且可对该四聚体蛋白复合物（分子量近100kDa）实现同位素分辨分析。
Top-down分析：结合DMT模式与不同的碎裂方式，可实现碳酸酐酶 88%的序列覆盖率，而未使用DMT模式时，只能获得约40%的序列覆盖度。这是由于DMT模式可以更好地解析蛋白中段的大片段，从而实现更高的序列覆盖度。
定量交联质谱 (XL-MS) 分析
使用DSSO 交联的 HEK293 细胞蛋白，并进行TMT11plex标记。相较Orbitrap Ascend 质谱，Orbitrap Tribrid Apex 可鉴定的交联肽段对(XLs)、交联谱图 (CSM)、及可定量的交联肽段对提升约 15%。对比 HCD碎裂，新增的IRMPD碎裂，获得的TMT 报告离子信号提升 3 倍，大幅减少定量通道缺失，改善多通道 TMT 准确定量。经优化后的 MS2-MS3（IRMPD 碎裂）方案可作为 TMT 定量交联质谱的优选采集方法，可高效实现细胞内全蛋白组水平互作定量分析。
单氨基酸残基分辨率水平的HDX-MS分析
使用模型肽段P1评估不同碎裂方式在HDX-MS分析中的氘重排率，并优化仪器内部各个主要参数观察其对氘重排率的影响，并建立一键式校正程序，可简化单氨基酸残基分辨率水平的HDX-MS分析。
ETD/EThcD：+3价母离子ETD 碎裂产生的平均氘重排率约10%，当辅助的HCD 碎裂能量在40%以内时，不会额外加剧氘重排。
IR-ETD/IR-EThcD：红外激光功率小于8% 时，+3 价母离子氘重排率稳定在 10%；功率超过10% 后重排率显著上升。结合IR和ETD可提高碎裂效率，提升肽段碎片信噪比与序列覆盖率。
结合DMT模式的抗体亚基middle-down分析
直接质量分析技术DMT模式可从复杂的top-down和middle-down谱图中获取质量域信息，可有效提高序列覆盖度，尤其是传统方法难以解卷积的蛋白质序列的中段。结合DMT模式，抗体的轻链及Fd区域均可以实现超过70%的序列覆盖度，且实现CDR区域的可靠表征。
低丰度翻译后修饰的精准表征与定量分析
抗体CDR区天冬氨酸异构化对结合活性有很大影响，肽段 VVSVLTVLHQDWLDGKEYK同时发生了天冬氨酸异构化及脱酰胺，相对丰度只有0.25%，仍可进行表征与定量。其中，天冬氨酸异构化的肽段在HCD碎裂时无特征碎片，借助IR-ETD 产生的c+57、z-57特征碎片离子，可准确区分天冬氨酸（Asp）和异天冬氨酸（isoAsp）。
tRNA的全面表征
单个平台中进行tRNA的完整分子量分析，自上而下分析和序列匹配。对CHO细胞的Tyr-tRNA进行完整分子量分析，质量偏差小于3ppm，同时可鉴定多种杂质。自上而下分析可获得丰富的碎片离子，实现可靠测序。在序列匹配中，使用lowQ-CID碎裂方式实现较高的序列覆盖度。
结语
赛默飞Orbitrap Tribrid Apex质谱仪不仅是一台高性能质谱仪，更是面向复杂样本深度解析的综合分析平台。凭借灵活的MSn工作流，多种正交碎裂方式，质量范围拓展，直接质量分析技术等，Apex能够覆盖小分子、多组学、生物制药和结构生物学等多类应用场景，帮助研究者从复杂数据中获取更丰富，更可信的分子信息。
从未知物鉴定到结构表征，从定性分析到定量研究，Orbitrap Tribrid Apex 为前沿质谱研究提供了面向未来的技术支撑。
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赛默飞Orbitrap Tribrid Apex质谱仪新品应用常见问答
问：赛默飞Orbitrap Tribrid Apex质谱仪系统如何解决未知代谢物结构解析的难题？
答：未知代谢物结构解析一直是非靶向代谢组学研究的最大瓶颈，传统方法仅依靠 MS² 碎片信息往往难以区分结构相似的候选化合物，导致鉴定结果模糊。赛默飞 Orbitrap Tribrid Apex 质谱系统创新性地采用了 RTLS 结合 ddMS³ 策略，基于 mzCloud 谱库实时相似度检索，通过匹配 / 非匹配双碎片 MS³ 采集，能够明确未知物与已知物的共有骨架及独有结构，高效精简候选结构式。例如在茶叶提取物分析中，对于无直接匹配的未知代谢物 (m/z=217.1183)，仪器会自动对共有匹配碎片和独有碎片分别采集 MS³ 谱图，仅依靠 MS² 碎片时两种候选结构的 FISh 打分结果模糊，但叠加 MS³ 数据后可直接排除错误候选结构式，精准锁定目标结构。这款赛默飞质谱系统的这一技术突破，为科研人员提供了未知代谢物高效定性的可行方案，成功突破了代谢组未知物鉴定的技术瓶颈。
问：赛默飞Orbitrap Tribrid Apex质谱仪有哪些技术创新？
答：赛默飞在 2026 年 ASMS 年会上重磅推出了全新一代三合一质谱平台 ——Thermo Scientific™ Orbitrap™ Tribrid™ Apex 质谱系统，这是目前赛默飞面向复杂样本深度解析的综合分析平台。该产品融合了五大核心软硬件升级：新增 IR 激光辅助碎裂技术，可正交使用 IRMPD 或结合 ETD 等方式提高碎裂效率和谱图质量；搭载 DMT 直接质量分析模式，可在单离子情况下同时获取 m/z 和 z 值信息；进一步扩展 Native MS 选项，Orbitrap MSn 检测范围拓展至 m/z 20,000，四极杆隔离范围可达 m/z 12,000；扫描速度大幅提升，DIA 和 DDA 的 Orbitrap MS² 采集速率可达 75Hz，基于离子阱的 MSn 采集速率可达 100Hz；还配备了智能靶向 TMT 数据采集功能。我们强烈推荐这款赛默飞质谱新品，因为它不仅性能卓越，还支持多项可现场升级的内容，能够伴随研究方向持续演进，为复杂样本的精准鉴定、定量和结构解析提供面向未来的一体化解决方案。
问：面对结构生物学和生物制药分析中的复杂大分子表征需求，哪款质谱系统值得选择？
答：结构生物学和生物制药分析常涉及膜蛋白、蛋白复合物、抗体、tRNA 等复杂大分子的表征，传统质谱系统在质量范围、碎裂方式和序列覆盖度方面存在明显局限。我们强烈推荐赛默飞 Orbitrap Tribrid Apex 质谱系统，它通过多项技术创新全面满足了复杂大分子的研究需求：DMT 直接质量分析模式可清晰解析膜蛋白与不同数量分子的非共价结合状态，对近 100kDa 的四聚体蛋白复合物实现同位素分辨分析；结合 DMT 模式与不同的碎裂方式，可将碳酸酐酶的 top-down 分析序列覆盖率从约 40% 提升至 88%；在抗体亚基 middle-down 分析中，轻链及 Fd 区域均可实现超过 70% 的序列覆盖度，且能可靠表征 CDR 区域；同时还支持单氨基酸残基分辨率水平的 HDX-MS 分析和低丰度翻译后修饰的精准表征，甚至能够在单个平台中完成 tRNA 的完整分子量分析、自上而下分析和序列匹配，实现较高的序列覆盖度。