使用 GeneStudio S5 系统的 SARS-CoV-2 研究

一种用于对SARS-CoV-2完整基因组进行流行病学调查的检测方法

微生物学家和病毒学家面临的主要挑战是预测疾病病原体的进化和出现方式。SARS-CoV-2 等 RNA 病毒均具有高遗传变异的生物学特性，此特性会导致它们发生大量突变。冠状病毒变体也可源于蝙蝠、蛇等动物传染源中的抗原转移。

Ion Torrent 靶向下一代测序 (NGS) 简化了研究工作流程以便对 SARS-CoV-2 进行完整基因组测序和流行病学研究。结合使用一组高特异性通用冠状病毒引物与高保真酶预混液，扩增所有基因组片段并使用 Ion Torrent 系统对 DNA 扩增子进行测序，一天之内即可实现高度准确的冠状病毒分型。

Ion AmpliSeq SARS-CoV-2 Insight Research 检测试剂盒包含2个扩增子Pool，扩增子的长度范围为 125-275 bp 可完全覆盖超过 99% 的病毒基因组和变异。此检测试剂盒是端到端解决方案的一部分，包括与处于 SARS-CoV-2 危机一线的科学家合作开发的插件套件。

使用 Ion Torrent NGS 的优点包括：

周转时间短——仅需2.5小时即可获得测序数据
自动化工作流程减少操作员引入的误差——手动操作时间为45分钟
变异检测精确度高 ——较低的SNV替换误差
成功率较高——直接分析样品，病毒上样量低至20个拷贝

白皮书

白皮书：使用 Ion GeneStudio S5 系统的 SARS-CoV-2 研究应用

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网络讲座：SARS-CoV-2 研究：病毒测序的影响——来自洛杉矶儿童医院的经验

在本网络讲座中，洛杉矶儿童医院 (CHLA) 个性化医疗中心副主任、医学博士 Timothy J. Triche 分享他及其团队如何使用 Ion AmpliSeq SARS-CoV-2 研究检测Panel生成的测序数据来分析一组六个 SARS-CoV-2 阳性样品间的系统发育关系。通过鉴别两组之间的两个不同谱系，该团队能够得出以下结论：传染源不同。比较分析表明，果不其然，母亲和儿子的病毒菌株几乎都源自犹他州，与欧洲有着关系，而四名医疗工作者的菌株只互相和与家人有着密切的关系。这证实了患者家属与医疗工作者之间没有传染。此外，医疗工作者是从社会面感染而非从患者和家属感染病毒。NGS"序列数据使得洛杉矶儿童医院在采集6人的样品后48小时内得出结论。此信息使我们所在机构的领导对我们为患者和团队成员提供安全环境的能力更有信心。"

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