Coronavirus

一种用于分析冠状病毒基因组以进行流行病学分析的检测方法

微生物学家和病毒学家面临的主要挑战是预测疾病病原体的进化和出现方式。冠状病毒之类的 RNA 病毒具有高遗传变异性生物学特性,出现大量突变。冠状病毒变体也可源于蝙蝠、蛇等动物储存库中的抗原转移。

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Ion Torrent 靶向新一代高通量测序 (NGS)通过简化的研究工作流程完成 SARS-CoV-2(引发 COVID-19 的病毒)的完整基因组测序和流行病学研究。结合使用一组高特异性通用冠状病毒引物与高保真酶预混液,扩增所有基因组片段,并使用 Ion Torrent 系统对 DNA 扩增子进行测序,一天之内即可实现高度准确的冠状病毒分型。

用于 SARS-CoV-2 研究的 Ion AmpliSeq Coronavirus Research Panel(新型冠状病毒研究) 包含 2 个引物池,扩增子的长度范围为 125-275 bp,可用于病毒完整基因组测序和变异检测。

Ion Torrent NGS 用于 SARS-CoV-2 研究的优势在于:

  • 快速周转时间—仅需 2.5 小时即可获得测序数据
  • 自动化工作流程减少了手动操作误差—手动操作时间约 45 分钟
  • 变异检测的准确度
  • 提高成功率和检测合格率—分析低病毒载量样品


Ion AmpliSeq Coronavirus Research Panel(新型冠状病毒研究)的靶向 NGS 工作流程

Targeted next-generation sequencing (NGS) workflow for Ion AmpliSeq™ Coronavirus Research Panel
Figure 1. Ion AmpliSeq workflow. Ion AmpliSeq libraries are prepared manually or with the Ion Chef System. Libraries are then placed in the Ion Chef System for emulsion PCR, enrichment, and loading onto Ion S5 chips.

除靶向测序外,Ion Torrent 系统还可用于 SARS-CoV-2 的 NGS 从头(全基因组)测序。


选择合适的芯片

单个 Ion 540 芯片上可同时分析多达 80 个样品:

样品数量
(1M reads/样品)

芯片

2-3 个样品
Ion 510 芯片
4-6 个样品
Ion 520 芯片
15-20 个样品
Ion 530 芯片
60-80 个样品
Ion 540 芯片

Ion AmpliSeq Designer

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