Smart Deep Basecaller

Smart Deep Basecaller（SDB）是一种创新的碱基识别算法，可获得更优化的Sanger测序数据结果并减少人工审核时间。Smart Deep Basecaller可在Sequencing Analysis Software 8中使用。

图1. 在染料包块（dye blob）区域的KB与SDB对比

与KB Basecaller相比，Smart Deep Basecaller提供：

• 读取长度增加——在 5′ 和 3′ 端获得更多高质量碱基识别结果
• 纯碱基与混合碱基的识别更为准确
• 通过应对染料包块、N-1 peaks、迁移率漂移等伪影，以及高GC模板等困难序列，提高碱基识别准确性
• 新增功能：支持在杂合插入/缺失变体区域进行碱基识别
• 减少人工审核时间——编辑更少且假阳性更少
• 可选的 Enhanced View 跟踪可视化：基线更为清洁，并提升质粒（纯碱基）序列 3′ 端的分辨率

注意：SDB 碱基识别支持来自SeqStudio Flex、SeqStudio、3730和3500 系列基因分析仪的数据。

提供可用于批量处理的自动命令行碱基识别功能。在与 3730 系列基因分析仪联用时，Smart Deep Basecaller 可作为仪器运行的一部分用于自动碱基识别。

提高通量并延长读长
 

通过生成更准确且质量分数更高的碱基识别结果，Smart Deep Basecaller 在质量修剪后可产生更长的读长。如下所示（针对 SeqStudio Flex、3730、SeqStudio 和 3500 数据集），读长提高幅度为 9–16%。SDB 的先进算法可在 5′ 和 3′ 端实现更高的准确性，从而优化每条读序列的碱基数。

图2. KB 与 SDB 读长比较图。Q20 CRL（质量值 20 的连续读长）

更强的稳健性
 

Smart Deep Basecaller 在通过常见伪影（如染料包块、N-1 peaks、迁移率漂移）以及在处理高GC等困难序列时，提供了更强的碱基识别稳健性。

基于164个来自SeqStudio的样本（含染料包块、N-1 peaks、迁移率漂移等伪影），与KB相比，Smart Deep Basecaller 的结果实现了100%的假阴性减少和94%的假阳性减少。

SDB的先进算法还提供了新功能，支持在杂合插入/缺失变体区域进行碱基识别。

在杂合插入/缺失区域的KB与SDB对比。上述示例中，Smart Deep Basecaller优于KB，能够以高质量值正确地通过该het indel区域进行碱基识别。

使用Enhanced View改善3′端分辨率
 

Smart Deep Basecaller的可选Enhanced View利用所产生的高质量碱基识别结果，在质粒测序数据的 3′ 端提供更高的分辨率，从而提升结果的清晰度与置信度。

图4. SDB Enhanced View跟踪可视化

编辑次数减少 = 人工审核时间减少
 

Smart Deep Basecaller 可减少人工审核时间，因为它能降低低质量碱基识别和假阳性的发生，从而简化Sanger测序数据的审核工作，释放高级人员时间用于其他任务，并缩短新员工的培训时间。

图5. 所需编辑次数

仪器要求
 

来自Applied Biosystems SeqStudio Flex、SeqStudio、3500 和 3730基因分析仪的数据可以使用Smart Deep Basecaller进行碱基识别。

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