April 10, 2013

By Monica Heger

Asuragen推出了两个新一代测序癌症分析组合（panel），并计划6月初在其CLIA认证的实验室中推出这一服务。这两个分析panel，SuraSeq-200和SuraSeq-500，分别对应评估5个癌基因中的200个热点突变和17个癌基因中的500个热点突变。

这两个分析panel是利用专有的试剂和方法在内部设计的，并经过优化，可评估低质量、福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织中的样品。Asuragen计划最终以产品形式上市出售这些试剂。

最新的这些分析panel与该公司的其他产品互补，包括在Illumina Genome Analyzer上运行的52个基因的分析panel，以及在Life Tech的Ion Torrent PGM上运行的16个基因分析panel和5个基因分析panel；以及Life Tech的Ion AmpliSeq Cancer panel——它分析46个基因中的热点突变。Asuragen去年推出了这些分析panel，作为其在新一代测序领域的首批产品（CSN 1/4/2012）。这些分析panel都是仅供科研使用的。

该公司CEO Rollie Carlson告诉《临床测序新闻》，SuraSeq-200和SuraSeq-500独立于运行平台，可在Ion Torrent或Illumina的测序平台上运行。

该公司内部目前拥有一台Illumina Genome Analyzer，一台Illumina MiSeq，一台Ion Torrent PGM，以及RainDance的RDT 1000系统和Fluidigm的Access Array用于富集。

Asuragen利用它自己的专有试剂（而不是Illumina或Life出售的试剂），在内部完成这些分析panels的设计。据Carlson介绍，这些分析panels已经专为福尔马林固定石蜡包埋的组织而优化。

诊断研究和技术开发的主管Gary Latham进一步解释说，公司的专有试剂已特别为“适应与FFPE DNA相关的降解”而设计。此外，公司的研究人员开发出新的生物信息学工具，以顾及由FFPE引起的额外干扰噪音。

“目前还没有好的工具，能从FFPE样品中检出低丰度的变异，”Latham谈道。FFPE固有的降解和交联产生干扰，而生物信息学工具必须能穿过干扰，仍然检出稀有变异。

在SuraSeq分析的一项验证研究中，Assuragen的研究人员发现，FFPE样品的背景噪音比细胞系DNA高出两倍，而他们能够相应调整生物信息学算法。该研究成果在今年初发表在《Journal of Molecular Diagnostics》杂志上。

分析的另一个关键之处在于该公司的两步法PCR步骤，它产生了介于61个碱基和80个碱基之间的扩增子。作者在文章中写道，保持扩增子简短“最大限度减轻了FFPE DNA模板的扩增负担”。

由于这些分析是专为FFPE样品设计的，Latham表示，它们能够从质量极低的样品中产生结果，而Life或Illumina的试剂盒未必能够对其测序。

举个例子，据Carlson介绍，当Asuragen检测了从制药合作伙伴处采集到的500多个FFPE样品时，只有20%到60%的样品可利用各个测序供应商设计的分析panels来评估，而80%的样品可利用Asuragen的分析panels来评估。

Latham表示，这种差异的原因之一在于供应商设计的分析panels通常建立在只采用“高质量的FFPE样品”之上，这无法代表一般在临床背景下所常见的，以及制药公司所常见的情况。

该公司也计划使用多个新一代测序平台进行确认，作为Sanger测序的对照。在其验证研究中，它发现Illumina GA和PGM在检测低水平突变上比Sanger测序更好。

Asuragen在三个平台上检测了38个FFPE结肠直肠癌样品，鉴定出29个突变，其中5个无法用Sanger测序检测到，因为它们的频率低于Sanger的检测极限。

Latham表示，因此，公司计划通过互不相关的两个新一代测序平台进行交叉确认。也就是说，如果在Illumina平台上运行一个分析panels，那么其结果将在PGM上进行确认，反之亦然。

他谈道：“如果折回Sanger，您将错过一些东西。但是，联合利用两个NGS平台，我们能够捕获那些较低频率的突变。”

该公司计划6月初在其CLIA认证的实验室中提供SuraSeq分析panels服务。它还计划以产品形式出售其试剂盒。Carlson表示：“根据我们在临床环境中看到的表现，它们将会公开出售。我预计这将发生在未来6至12个月内。”

Latham补充道，公司还没有决定将如何出售试剂，是仅供研究使用，作为实验室开发检测，还是将申请美国FDA的许可。

尽管公司不得不与其他提供新一代测序分析的公司竞争，包括Foundation Medicine（它提供更大的分析panels，覆盖236个基因），但Latham认为，让Asuragen脱颖而出的是它开发的分析panels能够容纳低质量的样品，这在临床背景下经常见到。

“材料的可用性存在非常严重的限制，”他谈道。“我们为低质量的样品创造了许多高价值的好处，这些样品代表了制药行业最感兴趣的区域。”

他表示：“随着分析panels越来越大，所得收益会递减。”样品起始量更高，解释更加困难，周转时间和成本也增加。

然而，Latham补充道，Asuragen计划增加更多的分析panels，其中一些会更大，但它始终集中关注定向测序。

“我们预计，定向测序仍然是一个重要的领域，将在诊断方面越来越受欢迎，”他表示。