Oncomine™ Breast cfDNA 研究检测 v2

Oncomine 乳腺 cfDNA 测定试剂盒 v2 是检测无细胞 DNA (cfDNA) 内乳腺肿瘤来源 DNA (ctDNA) 的完整解决方案的一部分。其提供了文库构建试剂，以及用于从单管 10 mL 全血的血浆组分中获得的 cfDNA 制备扩增子文库的一池多重 PCR 引物。

液体活检相对于传统实体瘤活检具有几大优势：
•采用微创，可在多个时间点采集样品以监测癌症进展
• 成本更低
• 从采样至得到结果的周转时间更短
• 更好地表示肿瘤异质性

Oncomine 乳腺 cfDNA 测定试剂盒 v2 可实现以下分析：
•热点基因：AKT1、EGFR、ERBB2、ERBB3、ESR1、FBXW7、KRAS、PIK3CA、SF3B1、TP53（∼152 个热点）
• 拷贝数基因 (CNV)：CCND1、ERBB2、FGFR1
• 全长基因：TP53（∼80% 覆盖率）

已发现这些基因在乳腺癌中经常突变。通过使用标签测序技术，可以实现各种变体类型的检测下限 (LOD)*：
•对于 SNV/短插入缺失，可实现 LOD 为 0.1%、灵敏度 ∼80%、特异性 >99%
• 对于 TP53 突变检测，可实现 LOD 为 0.5%
• 对于 ERBB2 和 FGFR1 CNV 靶标，可实现检测低至 1.2 倍扩增，而对于 CCND1 CNV 靶标，可实现检测低至 1.4 倍扩增、灵敏度 >90%、特异性 >99%

使用 Ion S5 XL 测序系统可仅在 2 天内完成从使用 MagMAX 无细胞 DNA 分离试剂盒（货号 A29319）进行 cfDNA 分离到样品分析的整个工作流程（下图）。

技术
在全血血浆组分中观察到极低浓度 cfDNA (ctDNA)。由于此低发病率，所以该检测中采用了标签测序技术。该技术将独特的分子标签连接至基因特异性引物上（下图）。扩增后，将根据扩增的标签对已标记分子进行分组。在 80% 或更长的时间含有相同突变体的组将被称为阳性。使用标签技术，通过文库构建/测序过程生成的随机错误序列能够被清除。

与 LOD 为 1–5% 的其他技术不同，Oncomine 乳腺 cfDNA 测定试剂盒 v2 针对 SNV 具有低至 0.1% 的灵活检测限或在 1,000 个野生型拷贝背景中具有 1 个突变体拷贝。为了达到 0.1% LOD，需要 20 ng cfDNA 上样量。cfDNA 用量可以更低，但 LOD 将更高，这取决于起始量（下图）。

优势：
•适用于短 cfDNA 的优化扩增子设计确保了可能较高的捕获率
•优化的靶向检测设计允许进行高度多重下一代测序 (NGS)，降低了每样品的测序成本
•两天内即可完成的高效工作流程

使用 Torrent Suite 软件 5.2 或更高版本，可以实现对 SNV 和短插入缺失的分析。为分析 SNV、短插入缺失和 CNV，需要 Ion Reporter 5.6（基于云端或服务器）。

标签测序技术具有简单性、快速和可扩展性
Oncomine 乳腺 cfDNA 测定试剂盒 v2 只需 1 ng cfDNA 上样量即可进行靶向文库构建从而进行癌症基因研究。cfDNA 检测使用标准 PCR 设备和 2 次简单的 PCR 反应，一次连接独特分子标签，另一次扩增文库以进行高度多重 PCR 靶标的选择。此外，Oncomine 乳腺 cfDNA 测定试剂盒 v2 与 FFPE 样品兼容，可用于可能的一致性研究。靶向文库的总时间仅为 3.5 小时。使用标签测序条形码套件 1-24（货号 A31830）或 25-48（货号 A31847）实现可扩展性和灵活性，用于在 Ion S5 芯片上倍增条形码样品。

*使用从正常健康供体中分离的人工阳性样品和 cfDNA，测定各变体类型的敏感性和特异性。