ChromaTide™ Texas Red™-12-dUTP

你可以尝试使用合适的基于离心柱的方法纯化ChromaTide标记的探针以去除未掺入的ChromaTide核苷酸。乙醇沉淀可能不能有效的去除未掺入的ChromaTide核苷酸，因此需要使用离心柱进行纯化。

•检查碱基和染料的比例，确定ChromaTide核苷酸掺入水平。由于荧光检测可能受标记不足、过度标记、仪器灵敏度或其它因素影响，所以碱基与染料的比例是更好的检测掺入效率的指标。
•ChromaTide核苷酸在酶促标记反应时可能没有很好的掺入。确保所使用的酶促方法与特定的荧光ChromaTide核苷酸兼容，因为一些方法可能并不是对所有应用都适合。您可能还需要进一步优化酶促掺入方法，如优化酶浓度、孵育时间、浓度及标记核苷酸与未标记核苷酸的比例。对于PCR，保真度低一些的聚合酶可以得到更高的掺入率；当然，使用PCR时，掺入率通常都较低。
•检查检测所用荧光滤光片，确保其与染料相兼容。你也可以在所用滤光片下检测一小滴没有稀释的染料，确保在没有与寡核苷酸结合前你能对染料单独成像。Alexa Fluor 647的发射荧光肉眼不可见，因此需要远红外成像系统进行检测。

不能，它们不是细胞通透的所以它们仅适用于体外掺入方法。荧光染料和磷酸基团电荷太高因而不能穿透完整细胞膜。不带磷酸基团的非荧光染料例如EdU, EU, 或BrdU可以用于活细胞核酸掺入研究。

碱基-染料比例可以通过测定核酸在260 nm的吸光值和染料在其最大吸收峰的吸光值而确定。使用相应染料和核酸的消光系数，您就可以通过Beer-Lambert定律计算出被标记核酸的碱基-染料比例。详细的说明可以在下列产品说明中找到：

酶促方法掺入ChromaTide dUTP (http://tools.thermofisher.com/content/sfs/manuals/td07604.pdf)
酶促方法掺入ChromaTide UTP(http://tools.thermofisher.com/content/sfs/manuals/td07605.pdf).

平均掺入率是大约每100-150碱基掺入一个染料分子，所以ChromaTide荧光标记核苷酸通常是我们提供的核酸标记方法里标记率最低的。