Oncomine™ Breast cfDNA 检测

Oncomine™ Breast cfDNA 检测是检测无细胞 DNA (cfDNA) 内乳腺肿瘤来源 DNA (ctDNA) 的完整解决方案的一部分。其提供了文库构建试剂，以及用于从一管全血的血浆组分中获得的 cfDNA 中制备扩增子文库的一池多重 PCR 引物。使用该检测可实现对乳腺癌中经常突变的单核苷酸变体和短插入缺失的分析。覆盖 10 个基因和 >150 个热点（基因：AKT1、EGFR、ERBB2、ERBB3、ESR1、FBXW7、KRAS、PIK3CA、SF3B1、TP53）。通过使用标签测序技术，可实现低至 0.1% 的检测限 (LOD)。

注：可在下文‘文件’中找到使用 Torrent Suite 软件 5.2 进行 cfDNA 变体分析的靶标和热点 BED 文档和用户指导文件。

•用于片段化 cfDNA（∼170 bp 长）的优化短扩增子设计
• 检测单核苷酸变异 (SNV) 和低至 0.1% LOD 的热点插入缺失
• 非常高的灵敏度和特异性，可使用较小假阳性进行极低水平检测
• 可在 Ion 530™ 芯片上运行 12 份样品，降低总体测序成本
• 高效工作流程，从一管血液到得出结果仅需 2 天

液体活检相对于传统实体瘤活检具有几大优势：
•液体活检采用微创，可在多个时间点采集样品以监测其进展
• 比传统组织活检成本更低
• 从采样至得到结果的周转时间更短
• 捕获更多肿瘤异质性

使用 Ion S5™ XL 测序系统可仅在 2 天内完成从使用 MagMAX™ 无细胞 DNA 分离试剂盒进行 cfDNA 分离到样品分析的整个工作流程（下图）。

技术
在全血血浆组分中观察到极低浓度 ctDNA。由于此低发病率，所以该检测中采用了标签测序技术。该技术将独特的分子标签连接至基因特异性引物。然后将扩增产物分组至包含相同标签的系列。包含相同突变体的系列将使用用于肿瘤学液体活检应用的优化变异检测设置进行检测。通常通过文库构建/测序过程生成的随机错误序列能够从变异检测中识别并去除。

与 LOD 为 1-5% 的其他技术不同，Oncomine 乳腺 cfDNA 测定试剂盒具有低至 0.1% 的灵活检测限或在 1,000 个野生型拷贝背景中具有 1 个突变体拷贝。为了达到 0.1% LOD，需要 20 ng cfDNA 上样量。cfDNA 用量可以更低（低至 1 ng），但 LOD 将更高，这取决于上样量。

标签测序技术具有简单性、速度和可扩展性
Oncomine 乳腺 cfDNA 测定试剂盒只需 1 ng cfDNA 上样量即可进行靶向文库构建从而进行癌症基因研究。cfDNA 检测试剂盒使用标准 PCR 设备和 2 次简单的 PCR 反应，一次连接独特分子标签，另一次扩增文库以进行高度多重 PCR 靶标的选择，无需扩大资本投资。此外，Oncomine Breast cfDNA 检测与 FFPE 样品兼容，可用于潜在的一致性研究。靶向文库的总时间仅为 3.5 小时。使用标签测序条形码套件 1-24（货号 A31830）或标签测序条形码套件 25-48（货号 A31847）实现可扩展性和灵活性，用于在 Ion S5 芯片上倍增条形码样品。

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