•检查碱基和染料的比例,确定ChromaTide核苷酸掺入水平。由于荧光检测可能受标记不足、过度标记、仪器灵敏度或其它因素影响,所以碱基与染料的比例是更好的检测掺入效率的指标。
•ChromaTide核苷酸在酶促标记反应时可能没有很好的掺入。确保所使用的酶促方法与特定的荧光ChromaTide核苷酸兼容,因为一些方法可能并不是对所有应用都适合。您可能还需要进一步优化酶促掺入方法,如优化酶浓度、孵育时间、浓度及标记核苷酸与未标记核苷酸的比例。对于PCR,保真度低一些的聚合酶可以得到更高的掺入率;当然,使用PCR时,掺入率通常都较低。
•检查检测所用荧光滤光片,确保其与染料相兼容。你也可以在所用滤光片下检测一小滴没有稀释的染料,确保在没有与寡核苷酸结合前你能对染料单独成像。Alexa Fluor 647的发射荧光肉眼不可见,因此需要远红外成像系统进行检测。