测序用 GeneRacer™ 试剂盒(含 SuperScript™ III RT)和 TOPO TA Cloning™ 试剂盒
测序用 GeneRacer™ 试剂盒(含 SuperScript™ III RT)和 TOPO TA Cloning™ 试剂盒
Invitrogen™

测序用 GeneRacer™ 试剂盒(含 SuperScript™ III RT)和 TOPO TA Cloning™ 试剂盒

GeneRacer™ 试剂盒提供了一种使用来自表达序列标签 (EST)、消减 cDNA、差异显示或文库筛选的已知 cDNA 序列获得 cDNA 全长了解更多信息
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货号数量
L1502011 个试剂盒
货号 L150201
价格(CNY)
-
数量:
1 个试剂盒
GeneRacer™ 试剂盒提供了一种使用来自表达序列标签 (EST)、消减 cDNA、差异显示或文库筛选的已知 cDNA 序列获得 cDNA 全长 5' 和 3' 末端的方法。该试剂盒通过在扩增过程中消除截短信息确保仅扩增全长转录本。使用测序用 Zero Blunt™ TOPO™ PCR 克隆试剂盒(平末端 PCR 产物)或测序用 TOPO TA Cloning™ 试剂盒(3' A 突出端 PCR 产物)可快速轻松地克隆 RACE PCR 产物。使用提供的方案,可使用 1 µg 总 RNA 扩增稀有(30 个拷贝/细胞)和长 (9 kb) 转录本的 cDNA 末端并对该末端进行测序。使用 GeneRacer™ 试剂盒,您可以:

•由长度至少 10 kb 的转录本生成 cDNA
• 获得稀有转录本(少于 30 个拷贝/细胞)的全长 5´ 末端
• 克隆全长 5´ 和 3´ 末端以构建完整 cDNA 序列SuperScript™ III RT
GeneRacer™ 试剂盒包含 SuperScript™ III 逆转录酶 (RT),用于改进来自长且复杂 mRNA 的全长 5´ 末端扩增。SuperScript™ III RT 的 RNase H 部分已发生突变,可避免在 cDNA 合成期间切割 mRNA。这样可增加 cDNA 的大小和得率。SuperScript™ III RT 比野生型 RT 更耐热。可以在较高温度下进行逆转录,解开复杂模板的二级结构,并能够完成 cDNA 合成。GeneRacer™ 试剂盒的工作原理
GeneRacer™ 试剂盒确保仅扩增包含全长 cDNA 末端的转录本(如图所示)。高级方案从 RNA 水平开始,仅专门靶向 5´ 加帽 mRNA。在后续步骤中,移除帽并用 GeneRacer™ RNA 寡核苷酸替换。在逆转录过程中,GeneRacer™ RNA 寡核苷酸序列被整合到 cDNA 中。只有完全逆转录的 cDNA 将包含该已知序列。然后使用 GeneRacer™ RNA 寡核苷酸序列特异性 GeneRacer™ 5´ 引物和基因特异性引物进行 5´ RACE PCR。得到含有全长 5´ cDNA 序列的扩增 DNA。灵敏度和长度
为证明 GeneRacer™ 试剂盒捕获全长 5´ cDNA 末端的能力,扩增了转录起始位点已知的基因的 5´ 末端。从总 RNA 开始,按照 GeneRacer™ 方案,扩增长转录本 (10 kb) 和稀有信息(0.01% 或 30 拷贝/细胞)(如图所示)。
仅供科研使用。不可用于诊断程序。
规格
细菌或酵母菌株TOP10
克隆方法TOPO TA
适用于(应用)反转录
包括GeneRacer 模块:2 x 1.5 mL 无菌水、24 μL RNaseOut、各 6μL 小牛肠磷酸酶 (CIP)、CIP 缓冲液、烟草酸焦磷酸酶 (TAP)、10X TAP 缓冲液、T4 RNA 连接酶、10X T4 RNA 连接酶缓冲液和 10 mM ATP、6 x 250 ng GeneRacer RNA 寡核苷酸、2 x 1 mL 苯酚/氯仿、36 μL 贻贝糖原、200 μL 醋酸钠 (3 M)、各 225 μL GeneRacer 5' 引物、5' 巢式引物、3' 引物和 3' 巢式引物、20μL 对照 HeLa 总 RNA (500 ng/μL)、各 15μL 对照引物 A 和对照引物 B.1;SuperScript III RT 模块:6 μL SuperScript III 逆转录酶 (200 U/μL)、24 μL 5X 第一链缓冲液、15 μL DTT (0.1 M)、6 μL RNaseH (2 U/μL)、6 μL 随机引物 (100 ng/μL)、6 μL GeneRacer Oligo dT 引物 (900 ng/μL)、6 μL dNTP 混合物(各 10 mM)、10 个 S.N.A.P.柱、测序用 TOPO TA Cloning 试剂盒 (-20°C)、足够试剂和 One Shot TOP10 化学感受态大肠杆菌
产品线GeneRacer™、SuperScript™、TA Cloning™、TOPO™
产品类型克隆试剂盒
数量1 个试剂盒
载体pCR4-TOPO TA
产品规格试剂盒
Unit SizeEach
内容与储存
按照指示储存每个模块:

GeneRacer™ 模块 (-20°C):

•2 × 1.5 mL 无菌水

• 24 µL RNaseOut™

• 各 6 µL 小牛肠磷酸酶 (CIP)、CIP 缓冲液、烟草酸焦磷酸酶 (TAP)、10X TAP 缓冲液、T4 RNA 连接酶、10X T4 RNA 连接酶缓冲液和 10 mM ATP

• 6 × 250 ng GeneRacer™ RNA 寡核苷酸

• 2 × 1 mL 苯酚/氯仿

• 36 µL 贻贝糖原

• 200 µL 醋酸钠 (3 M)

• 各 225 µL GeneRacer™ 5′ 引物、5′ 巢式引物、3′ 引物和 3′ 巢式引物

• 20 µL 对照 HeLa 总 RNA (500 ng/µL)

• 各 15 µL 对照引物 A 和对照引物 B.1

SuperScript™ III RT 模块 (-20°C)

• 6 µL SuperScript™ III 逆转录酶 (200 U/µL)

• 24 µL 5X 第一链缓冲液

• 15 µL DTT (0.1 M)

• 6 µL RNaseH (2 U/µL)

• 6 µL 随机引物 (100 ng/µL)

• 6 µL GeneRacer™ Oligo dT 引物 (900 ng/µL)

• 6 µL dNTP 混合物(各 10 mM)

10 S.N.A.P.™柱(室温)

测序用 TOPO TA Cloning™ 试剂盒 (-20°C)

• 足量试剂和 One Shot™ TOP10 化学感受态大肠杆菌(在 -80°C 下储存),克隆 10 GeneRacer™ PCR 产物;GeneRacer 模块 (-20°C)、SuperScript III RT 模块 (-20°C)、感受态大肠杆菌(在 -80°C 下储存)、S.N.A.P.柱(室温)、测序用 TOPO TA Cloning 试剂盒 (-20°C)

常见问题解答 (FAQ)

我的5′ RACE实验得到了PCR产物,但它们都不是全长cDNA。我该怎么改善?

取10-20个克隆集落进行分析,以确认分离出了最长的转录本。很多基因并不仅含有一套转录起始位点,而是有多个转录起始位点,而且这些位点有时候只跨几个碱基,有些时候可能跨上百个甚至更多个碱基。对RACE产物进行克隆,同时分析多个克隆集落,可确保您能够检测出您的基因中的多种异质性转录起始位点。此外,您可能得到非全长基因转录本的PCR产物。之所以可能会获得非全长信使RNA的PCR产物,是因为:

•CIP反应之后RNA降解,而形成了带有5’端磷酸基团的非全长RNA,进而得以连接到 GeneRacer RNA寡核苷酸上。请务必谨慎处理,以确保RNA不会降解。
•CIP去磷酸化不完全。请通过增加CIP的用量,或减少RNA量来解决。
•PCR反应出现了PCR非特异性条带,未能得到真正的连接产物。请采用上述优化您的PCR条件。

在我的GeneRacer实验中,观察到了RACE PCR假象。我在哪个环节出错了?

形成RACE PCR假象或者非特异性的PCR条带的原因可能有如下几条:

•GSP与其它cDNA非特异性结合,从而造成非相关的产物和所需的产物一同扩增。
•GeneRacer引物与cDNA非特异性结合,从而形成了两端带有GeneRacer引物序列的PCR产物。
•RNA降解。
•PCR管或试剂被污染。

注:假象可能由于未处在最佳的PCR反应条件造成,此类情况可通过阴性对照PCR鉴定出来。

在对我扩增的RT-PCR产物进行电泳分析后,我看到了意料之外的条带。对此您有何建议?

请看下面的原因和建议:

-基因组DNA污染或者存在未知的剪切体: 采用扩增级DNase I(货号18068015)预处理RNA。设计退火到内含子两侧的外显子序列的引物,或者退火到mRNA的外显子/外显子边界处的序列的引物,以便区分扩增的cDNA和潜在的污染物基因组DNA。如需检测产物是否来自于DNA,设置一组不进行反转录的RNA对照组进行PCR。
-引物非特异性退火: 改变PCR的退火条件。使用热启动PCR聚合酶。针对各种模板和引物组合优化镁离子浓度。
-引物形成二聚体: 设计3′ 端不含互补序列的引物。

在对我扩增的RT-PCR产物进行电泳分析后,我并未看到条带。您能告诉我一些小技巧吗?

以下列出了各种原因和我们提供的建议:

-第一链cDNA合成过程中出错:请采用优质RNA作为对照,验证第一链反应的效率。
-存在RNase污染: 向样品中添加对照RNA,以判定在第一链反应体系中是否存在RNase。您可在第一链反应体系中使用RNase抑制剂。
-RNA出现多糖共沉淀: 采用氯化锂沉淀RNA,以便去除多糖,详见Sambrook等人所述。
-靶标mRNA含有较强的转录停顿因子: 在第一链合成中,使用随机六聚体引物替代oligo(dT),提高温度,使用靠近靶标cDNA 3′末端的PCR引物。
-PCR使用的第一链产物过少: 在50 mL PCR反应之中,至多可使用10%的第一链反应产物
-第一链合成时使用了基因特异性引物: 可以试试其他的基因特异性引物,或者改用 oligo(dT)。请确保GSP为反义序列。
-存在反转录酶抑制剂: 可在第一链反应之前,通过对mRNA进行乙醇沉淀来去除抑制剂。可以使用70%(体积比)乙醇洗涤mRNA沉淀。注:反转录酶抑制剂包括SDS、EDAT、胍盐、甲酰胺、焦磷酸钠和亚精胺。 -RNA已降解: 确认使用高质量和完整的RNA。
-退火温度过高: 视必要降低温度和/或使用降落PCR。

3′端RACE系统的工作原理是什么?

3′端RACE利用了mRNA中自带的poly(A)尾作为通用的PCR反应的起始位点。在这一操作步骤中,mRNA通过反转录酶(RT)和oligo-dT接头引物反转录成cDNA。特异性的cDNA随后通过PCR反应,采用基因特异性引物(GSP,退火到已知外显子序列的区域)和接头引物(靶向poly(A)尾区域)进行扩增。这样一来,即可捕获处于外显子和poly(A)尾之间的未知的3′-mRNA序列。