Oncomine cfNA检测

用于肿瘤学研究的液体活检NGS检测

尽管组织样本二代测序(NGS)是深入了解肿瘤生物学的标准方法,但基于液体活检的NGS正逐渐成为一种高度灵敏的方法,用于理解肿瘤进化过程中的耐药机制。液体活检具有多项优势,即使在组织样本不可用的情况下也能提供相关的基因组图谱,或可作为组织样本的补充,以了解肿瘤异质性。Oncomine游离核酸(cfNA)检测试剂盒可帮助从血液、胆汁、脑脊液和尿液等液体样本中获得重要见解。

 

主要优点包括:

  • 面向多种实体瘤的广泛NGS检测,用于研究用途
  • 简单、快速且自动化的工作流程,可减少上机操作时间并提高效率
  • 集成的数据分析与报告工具,便于数据解读

精选研究解决方案

组织与液体活检解决方案:在Genexus测序系统上运行的 Oncomine Precision Assay

 

在 Ion Torrent Genexus测序系统上运行的 Oncomine Precision Assay 是一个聚焦的多基因panel,可检测来自实体瘤组织和液体活检样本的50个基因中的多种基因组改变,包括单核苷酸变异(SNV)、插入和缺失(indel)、拷贝数变异(CNV)以及基因融合。

 

该高度自动化系统仅需20分钟的上机操作时间和两个接触点,即可在最短约24小时内报告NGS结果,以便与免疫组化结果整合。此外,低输入样本下仍具有高成功率,这意味着即使是小量或难处理的样本,也能获得更多可报告的检测结果。

图 1:Genexus系统上Oncomine Precision Assay NGS工作流程。

*报告解决方案包括 Ion Torrent™ Oncomine Reporter、实验室自有软件或其他第三方软件。

Oncomine Precision Assay客户网络研讨会

网络研讨会: Oncomine Precision Assay——血浆游离DNA的自动化与去中心化基因组分析

在OncomineWorld活动中,来自墨尔本大学的Ting Chan博士(PhD)将讨论使用液体活检NGS进行肿瘤学研究的优势。

Ting Chan 博士(PhD)

策展科学家,癌症研究中心

墨尔本大学,澳大利亚墨尔本

按需网络研讨会:脑脊液中中枢神经系统肿瘤ctDNA的分析

Leomar Ballester博士讨论将脑脊液作为血浆样本的替代,用于液体活检NGS研究。

Leomar Ballester博士

助理教授,病理与实验室医学系

MD Anderson癌症中心


液体活检解决方案:Ion GeneStudio系统上的 Oncomine Pan-Cancer Cell-Free Assay

 

Ion GeneStudio系统上的Oncomine Pan-Cancer Cell-Free Assay是一款聚焦的多基因面板,能够从实体瘤液体活检样本中检测包括SNVs、indels、CNVs和融合在内的广泛基因组变异,覆盖52个基因。

 

该高度自动化的端到端NGS解决方案可在仅2–3天内从血样完成到报告。此外,还可使用多种样本来源,例如胆汁、脑脊液和尿液。

图 2. Ion GeneStudio S5系统上Oncomine Pan-Cancer Cell‑Free Assay NGS工作流程。

*报告解决方案包括Ion Torrent™ Oncomine Reporter、实验室自有软件或其他第三方软件。


Oncomine cfNA检测方案组合

提供多癌种及肿瘤类型特异的基因覆盖,以满足您实验室的需求。

Oncomine

Precision
Assay

 

Oncomine Pan-Cancer Cell-Free Assay

Oncomine Lung Cell-Free Total Nucleic Acid Research Assay

Oncomine Breast cfDNA Research Assay v2

Oncomine

结肠 cfDNA


检测产品组合的基因内容

 

多癌种
Oncomine Precision Assay
SNVs/Indels CNVs 融合
AKT1 CDKN2A FGFR1 HRAS MTOR RAF1 ALK FGFR1 ALK FGFR3 RET
AKT2 CHEK2 FGFR2 IDH1 NRAS RET AR FGFR2 AR MET ROS1
AKT3 CTNNB1 FGFR3 IDH2 NTRK1 ROS1 CD274 FGFR3 BRAF NRG1 RSPO2
ALK EGFR FGFR4 KIT NTRK2 SMO CDKN2A KRAS EGFR NTRK1 RSPO3
AR ERBB2 FLT3 KRAS NTRK3 TP53 EGFR MET ESR1 NTRK2  
ARAF ERBB3 GNA11 MAP2K1 PDGFRA   ERBB2 PIK3CA FGFR1 NTRK3  
BRAF ERBB4 GNAQ MAP2K2 PIK3CA   ERBB3 PTEN FGFR2 NUTM1  
CDK4 ESR1 GNAS MET PTEN            

 

Oncomine Pan-Cancer Cell-Free Assay
SNV/插入缺失 (SNVs/Indels) 拷贝数变异 (CNVs) 基因融合 (Fusions)
AKT1 CTNNB1 FGFR1 GNAS MAP2K2 PIK3CA SMO CCND1 FGFR1 ALK MET
ALK DDR2 FGFR2 HRAS MET PTEN TP53 CCND2 FGFR2 BRAF NTRK1
APC EGFR FGFR3 IDH1 MTOR RAF1   CCND3 FGFR3 ERG NTRK3
AR ERBB2 FGFR4 IDH2 NRAS RET   CDK4 MET ETV1 RET
ARAF ERBB3 FLT3 KIT NTRK1 ROS1   CDK6 MYC FGFR1 ROS1
BRAF ESR1 GNA11 KRAS NTRK3 SF3B1   EGFR   FGFR2  
CHEK2 FBXW7 GNAQ MAP2K1 PDGFRA SMAD4   ERBB2   FGFR3  
乳腺 结肠
Oncomine cfTNA Assay Oncomine Breast cfDNA Assay v2 Oncomine Colon cfDNA Assay
ALK KRAS PIK3CA AKT1 ERBB3 KRAS AKT1 ERBB2 NRAS
BRAF MAP2K1 RET CCND1 ESR1 PIK3CA APC FBXW7 PIK3CA
EGFR MET ROS1 EGFR FBXW7 SF3B1 BRAF GNAS SMAD4
ERBB2 NRAS TP53 ERBB2 FGFR1 TP53 CTNNB1 KRAS TP53
            EGFR MAP2K1  

Oncomine cfNA Assay用户经验

Brandon Sheffield 医学博士

病理学家,W. Osler Health System(安大略省布兰普顿)

“Oncomine Precision Assay的创新之处,在于它还检测循环游离肿瘤来源的RNA以识别基因融合,而大多数市售检测方法仅关注DNA 。”

Beatriz Bellosillo 博士

Hospital del Mar(西班牙)

“在一项针对转移性结直肠癌研究样本的研究中,采用二代测序(NGS)多生物标志物方法,成功在94%的样本中检测到抗EGFR治疗后的基因组异质性。Oncomine Colon cfDNA Assay能够检测到MAF >0.1%的体细胞突变。”


Oncomine cfNA Assay常见问题解答

Oncomine cfNA Assay 是靶向二代测序(NGS)研究用panel,旨在从液体活检样本(即血液、胆汁、脑脊液和尿液)中的游离核酸(cfNA),包括cfDNA和cfRNA,实现高灵敏度检测基因组变异。当组织样本不可用时,该检测试剂盒可提供包括单核苷酸变异(SNV)、插入/缺失(indel)、拷贝数变异(CNV)和基因融合在内的多生物标志物信息,或作为组织检测的补充,以更全面地了解肿瘤异质性。

Oncomine cfNA Assay具有高灵敏度,检测限(LOD)可低至0.1%频率(灵敏度>90%,特异性>98%),即在1,000个野生型(WT)拷贝背景下可检出1个突变拷贝。为实现0.1%的检测限,建议cfDNA起始量为20 ng。使用较低起始量的cfDNA亦可,但检测限可能随起始量不同而有所升高。

Oncomine cfNA Assay用于检测从血液中分离的血浆游离核酸(cfNA)中所含的突变。游离核酸之所以受到关注,是因为其携带与肿瘤中相同的基因组变异,如单核苷酸变异(SNV)、插入缺失(indel)、拷贝数变异(CNV)和基因融合。此外,液体活检检测可重复使用,以评估肿瘤随时间推移所发生的变化。虽然Oncomine cfNA Assay通常用于评估血液样本,但研究人员也可选择评估其他样本类型,如胆汁、脑脊液或尿液。

Oncomine cfNA Assay设计用于 Ion Torrent NGS平台,包括Genexus系统和Ion GeneStudio S5系统。Genexus系统是一个快速、简便、自动化的双仪器NGS平台,可将快速NGS的强大功能带入您的实验室,无需专业的测序或生物信息学专业知识。Ion GeneStudio S5系统是一个可扩展、灵活且高通量的NGS平台,适用于广泛的应用领域,可快速高效地获取深入见解。


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