用于传染病和微生物学研究的NGS解决方案

利用快速、高效的NGS助力传染病与微生物学研究发现

在疾病研究中，更快获得结果并提升研究产出的需求，推动研究人员从Sanger测序、PCR和基于培养的Assay等传统分子生物学技术，转向使用新一代测序 (NGS) 进行靶向微生物物种谱分析和病原体鉴定。

Ion Torrent 和 Ion AmpliSeq n新一代测序（NGS）技术可为研究传染病及其他微生物应用领域的临床研究人员提供多种解决方案，帮助实现快速、准确的微生物测序。

Ion AmpliSeq技术和Ion Torrent平台测序采用靶向NGS方法，有助于在多个研究方向中快速获得研究结果，覆盖宏基因组学中的微生物全基因组测序、微生物组谱分析、健康研究、传染病研究以及病原体鉴定等领域。该方案还支持用于疾病监测研究的存档样本分析，以及聚焦于发现可能与抗生素耐药性相关突变的研究。

Ion Torrent和Ion AmpliSeq技术的主要优势

快速、简便的靶向NGS工作流程
出色的灵活性和可扩展性
支持自动化工作流程
可根据特定需求定制Panel

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使用NGS进行快速微生物检测与鉴定

了解快速NGS如何推动微生物病原体的检测与鉴定

Jennifer Dien Bard博士分享了其使用自动化靶向NGS方法，直接从样本中快速检测并鉴定细菌和真菌的经验。

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Jennifer Dien Bard博士

首席临床运营主任

临床微生物学与病毒学

病理学与检验医学部

洛杉矶儿童医院

用于传染病与微生物学研究应用的NGS解决方案

快速微生物鉴定（RMID）

利用Ion Torrent技术进行靶向测序，可帮助研究人员检测和分析细菌16S rRNA、真菌rRNA以及rpoB区域，实现全面的泛细菌和泛真菌检测。此外，物种特异性扩增子可支持对微生物物种进行更高层级的鉴定，且整个流程快速、简便。

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16S宏基因组研究

半导体测序技术可通过细菌16S rRNA基因的全基因组或靶向测序，加速并简化宏基因组学研究。在 Ion GeneStudio S5系统上进行直接测序速度较快，并可覆盖更多扩增子，从而支持对不同生物体进行更准确的区分。

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微生物组测序

Ion Torrent靶向NGS能够以具有成本效益的方式，对人类肠道微生物组中的微生物多样性进行全面谱分析。与传统16S rRNA测序相比，Ion AmpliSeq Microbiome Health Research Kit可提高物种水平检测的分辨率和特异性，适用于与癌症、免疫学和胃肠道（GI）疾病研究相关的关键生物体。

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细菌分型

近年来，全基因组测序（WGS）已成为细菌菌株分型的重要工具，可提供丰富的测序信息，清晰区分亲缘关系相近的菌株。借助Ion Torrent NGS技术快速、简便的工作流程，实验室可在内部开展WGS细菌分型，而无需专门的生物信息学团队。

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微生物从头测序

在 Ion GeneStudio S5系统上进行400 bp测序，可提升测序组装指标；用于微生物测序时，插入缺失错误率最高可降低90%，为全基因组测序提供快速路径。

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冠状病毒监测研究

Ion AmpliSeq SARS-CoV-2 Insight Research Assay采用独特的靶向测序方法，可从以往难以通过NGS获得结果的样本中实现更好的覆盖度和均一性。其智能Panel设计有助于应对病毒基因组中新出现的突变。集成式分析工具可实现共有序列自动生成、突变注释和谱系分配。

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病毒分型与基因组测序

靶向NGS是用于病毒基因组研究的快速、准确解决方案，适用于病毒分型、流行病学研究，以及使用病毒调查存档样本开展的疾病监测。病毒分型NGS解决方案可提供高灵敏度、可扩展性和较快周转时间，这些对于病毒监测和调查研究非常重要。

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免疫应答测序

靶向NGS可帮助研究人员深入了解感染和疫苗接种过程中，免疫系统以及T细胞和B细胞群如何应答并抵御外来物。对免疫应答的更深入理解，可为应对全球公共卫生问题提供有价值的信息。

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疫苗开发

Ion Torrent靶向NGS可在疫苗研究开发工作流程中提供快速、可规模化的多维遗传分析。无论是研究病原体生物学和靶标发现，还是全面分析宿主免疫应答，Ion Torrent技术都可帮助研究人员以较高效率开展研究并支持疫苗开发优化。

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用于传染病与微生物学研究的Ion Torrent NGS平台

Genexus系统

Ion Torrent Genexus 系统结合工作流程自动化、测序性能以及自动化数据分析和报告，可将NGS能力带入更多实验室，而无需大量测序或生物信息学专业知识。

上样后即可运行 — Genexus 纯化系统与Genexus 一体化测序仪结合使用，可实现NGS工作流程自动化。仅需两个接触点、最低20分钟手动操作时间，即可在短至24小时内获得可靠的NGS报告。
借助一体化NGS系统更快获取信息 — 通过自动化样本制备和测序仪器，并结合功能强大的Genexus Software，高效实现从样本到报告的流程。
快速而稳妥地推进工作 — 内置样本跟踪和条码识别等功能旨在提高工作效率并减少错误。

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Ion GeneStudio S5系统

Ion GeneStudio S5 系统可快速、高效且具有成本效益地生成大规模测序数据集，帮助研究人员获得更深入的信息，并为广泛应用提供可扩展的高通量NGS能力。

快速获得信息 — 测序和分析短至3小时即可完成，可在一天内实现从样本到分析数据。
节省手动操作时间 — Ion GeneStudio S5系统可与 Ion Chef 系统结合使用，形成从文库制备到序列分析和报告的自动化靶向NGS工作流程。
- 从文库制备到芯片上样，手动操作时间少于45分钟
- 测序运行短至2.5小时即可完成
自动生成报告 — 通过Thermo Fisher Connect云平台或本地Ion Reporter Server进行分析、QC报告和变异检出，将数据转化为有用信息。